1、一房多卖的问题。如不能立即过户，具有一房多卖非法目的卖房人将获得充分时间，且不易被权利人查证。
2、长期无法过户的问题。私下交易的买卖双方具备交易条件的时间越长，交易的不稳定性越大，买方的交易风险就越大。
3、房款是否能被执行回来的问题。执行难对于存在于个人之间的二手房买卖而言更是如此。
4、投资利益上的问题。如不能及时过户使得买方可能因经济适用房税收等政策调整，不得不增加投资成本。
5、买卖二手经济适用房时应需谨慎，以防不法分子乘虚而入。在买房时一定要确定该房的产权证后在进行购买。同时，尽量选择规模大、信誉好，对于流程、政策了解的比较清楚的大型中介公司来帮忙规避风险。
我们有足够理由相信随着时代的发展，经济适用房的适用性也会发生质的变化，即随着经济发展水平的提高而不断的提高住房质量。这是因为经济适用房是指具有社会保障性质的商品住宅，具有经济性和适用性的特点。经济性是指住宅价格相对市场价格而言，是适中的而不是降低建筑标准，它是国家为解决中低收入家庭住房问题而修建的普通住房。