如果医疗纠纷经过和解和行政调解得不到有效解决，最后途径便是民事诉讼。一旦进入诉讼程序，责任的认定就成了关键问题。医疗诉讼的责任认定一般有三种：法官判定、医疗事故技术鉴定和医疗过错司法鉴定。
1、法官直接判定
并不是所有医疗纠纷都必须经过医疗鉴定才能明确责任，根据《民事诉讼法》第72条规定“人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当交由法定鉴定部门鉴定；没有法定鉴定部门的，由人民法院指定的鉴定部门鉴定”。问题的关键在于医疗纠纷案件争议的事实是不是“专门性问题”，法官是否“认为需要鉴定”。
从前面医疗纠纷概念的分析可以得知，有些医疗纠纷争议事实并不是专业医疗问题，甚至不涉及医学知识，法官没有必要依申请或依职权安排医疗鉴定。
2、医疗事故技术鉴定
按照《医疗事故技术鉴定暂行办法》，目前我国医疗事故技术鉴定分为首次鉴定和再次鉴定，首次鉴定工作由设区的市级和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）级地方医学会组织专家鉴定组进行；再次鉴定工作由省、自治区、直辖市地方医学会组织进行；对疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议，省级卫生行政部门可以商请中华医学会组织医疗事故技术鉴定。但一般情况下，再次鉴定就是最终鉴定。
鉴定结论应该包括：医疗行为是否违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规；医疗过失行为与人身损害后果之间是否存在因果关系；医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；医疗事故等级等内容。
鉴定组会综合分析医疗过失行为在导致医疗事故损害后果中的作用、患者原有疾病状况等因素，判定医疗过失行为的责任程度，从重到轻分为4级，完全责任、主要责任、次要责任和轻微责任。鉴定结论中的责任认定直接关系到赔偿项目、范围和数额的最终确定。
医疗事故等级分为四级十二等，分别是一级甲、乙等医疗事故；二级甲、乙、丙、丁等医疗事故；三级甲、乙、丙、丁、戊等医疗事故；四级医疗事故。对于伤残患者，医疗事故一级乙等至三级戊等对应伤残等级一至十级。司法实践中，事故等级与赔偿数额之间不存在正比关系。
3、医疗过错司法鉴定
从2005年10月1日起，全国人大会常委会《关于司法鉴定管理问题的决定》正式实施，其中规定“在诉讼中，对本决定第二条所规定的鉴定事项发生争议，需要鉴定的，应当委托列入鉴定人名册的鉴定人进行鉴定。鉴定人从事司法鉴定业务，由所在的鉴定机构统一接受委托。鉴定人和鉴定机构应当在鉴定人和鉴定机构名册注明的业务范围内从事司法鉴定业务”。《决定》也明确了鉴定人依法回避和出庭作证制度。
国务院司法行政部门（司法部）主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门（司法厅或直辖市司法局），负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告。
司法鉴定结论要确定医疗过失参与度，分为ABCDEF六个等级。医疗过失参与度是指在医疗过失与疾病共同存在的案件中，多种因素共同作用导致患者伤残或死亡的损害后果，鉴定专家定量分析医疗过失在此后果中所起的作用，明确其参与因果关系的程度大小。医疗过失参与度是法院定案的重要依据，所以司法鉴定结论核心部分就是对这项指标的认定。
与医疗事故技术鉴定不同，司法鉴定只能由人民法院委托进行，且一般只能鉴定一次。对于争议较大的鉴定结论，最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第27条规定“当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；鉴定程序严重违法的；鉴定结论明显依据不足的；经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。”


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