特别行政区设立的理论依据是邓小平提出的“一国两制”方针。“一国两制”的主要内容包括四个方面：坚持国家统一、维护国家主权和领土完整，特别行政区实行高度自治，特别行政区原有的三个制度不变（即社会经济制度、生活方式、法律），特别行政区的行政机关和立法机关由当地人组成（即港人治港、澳人治澳，注意没有司法机关）特别行政区设立的法律依据有《宪法》第31条和《宪法》第62条。特别行政区是我国单一制国家不可分离的部分，是实行高度自治的地方行政区域，特别行政区是直辖于中央人民政府的一级地方行政区域。特别行政区是一级地方政权，只有一级政府、一级政权，大陆地方政权至少是两级（如直辖市），省一般是四级。而特别行政区政府不再下设任何政权单位，如香港的街坊会不是政权机构。

中央管理的有关特别行政区的事务包括五个方面，其中国防和外交是国家主权的最主要的特征：一是负责管理与特别行政区有关的外交事务；二是负责管理特别行政区的防务，主要是通过在特别行政区驻军来实现；三是任命行政长官和主要官员；四是决定特别行政区进入紧急状态；五是解释特别行政区基本法。特别行政区高度自治权的内容即“四大权”：行政管理权，立法权，独立的司法权和终审权。注意特别行政区虽然享有终审权，但对某些案件没有管辖权，比如对国防、外交等国家行为，国家行为享有司法豁免权，特别行政区的各级法院乃至终审法院均无权管辖。关于基本法解释权，解释权的所有权属于中央，全国人大常委会再授权特别行政区进行解释。关于基本法的修改权，均规定基本法只有全国人民代表大会一个机构有权修改，注意人大常委会在人大闭会期间无权修改，只有全国人大才可以修改，所以有人说修改基本法的程序类似修宪。

特别行政区政治体制的特点即行政与立法互相制衡，行政与立法互相配合，行政主导和司法独立。港、澳政治体制的特点首先是行政主导型的，而三权分立是立法、行政、司法三权之间平行，不存在哪个权高于另外两个权。特别行政区的行政长官在特别行政区具有双重角色，既是特别行政区的首长或代表，又是其政府的领导人。行政长官的任职资格在香港和澳门大都一样，但有一些差别。香港特别行政区行政长官的任职资格为五个条件：年满40周岁，在香港居住满20年，香港永久居民，中国公民，在外国无居留权；澳门行政长官的前四个任职资格要求与香港一样，但没有在外国无居留权的限制。

特别行政区政府的组成，香港主要是三司及各局、处、署，三司是最核心部分，即政务司、财政司和律政司；澳门政府由司、局、厅、处组成，还有检察院。立法会注意香港和澳门立法会的议员任职资格的区别，在香港有三个限制，即在外国无居留权，永久居民，中国公民；澳门只有一个条件，即澳门的永久性居民即可。香港的法院系统由终审法院、高等法院、区域法院、裁判署法庭和其他专门法庭组成，澳门设终审法院、中级法院、初级法院和行政法院。港澳回归后法院系统最大的变化就是各自增设了终审法院，原来两地无终审权，现在他们的司法同中央的最高人民法院和最高人民检察院基本没有关系。

特别行政区适用的法律包括四部分：基本法，被继续采用的原有法律，特别行政区立法机关制定的法律和在特别行政区适用的全国性法律。被继续采用的法律在香港和澳门不大一样，香港继续采用的原有法律包括：普通法、衡平法、条例、附属立法和习惯法；澳门继续采用的原有法律包括：法律、法令、行政法规和其他规范性文件。至于特别行政区立法机关制定的法律，这些法律须报全国人大常委会批准还是备案？注意是备案，即事后审查，并且这种备案同地方性法规报全国人大常委会备案又有不同。备案不影响法律的生效，但若全国人大常委会认为特别行政区制定的法律同基本法冲突了，可以发回，不能修改，然而一旦发回该法律就失效了。在特别行政区实施的全国性法律主要是体现“一国”要求的法律，国旗法、国徽法、国籍法当然是，关于国家主权的如国防、外交方面的立法也适用于香港和澳门。