在法律实践中与公司有关的民事纠纷有以下二十二种类型：
一、 股权确认纠纷
1、股东之间因出资产生的股权确认纠纷（隐名出资）；
2、股东之间因股权转让产生的股权确认纠纷（未变更登记）；
3、股东与公司之间的股权确认纠纷（公司与隐名股东）。

二、 股东名册变更纠纷
1、因转让方股东怠于履行变更登记义务；
2、因公司怠于变更登记。

三、 股东出资纠纷
1、有关出资形式上的纠纷；
2、有关出资义务履行上的纠纷；
3、股东出资责任纠纷。

四、 公司章程或章程条款撤销纠纷
1、章程的制定违反法定程序；
2、股东对章程的意思表示是可撤销的；
3、章程的内容存在违法情形；
4、章程欠缺绝对必要记载事项。

五、 公司盈余分配纠纷

六、 股东知情权纠纷；

七、 股份收购请求权纠纷

八、 股权转让纠纷
1、股权转让合同的违约纠纷；
2、股权转让合同的无效和撤销纠纷；
3、股权转让合同生效后，因办理股权工商变更登记而产生的纠纷。

九、 股东会或者股东大会、董事会决议效力纠纷
1、决议效力确认纠纷；
2、决议撤销纠纷。

十、 发起人责任纠纷
1、公司不能成立时的责任；
2、公司设立过错中，因发起人的过失致使公司利益受到损害的。

十一、股东滥用股东权利赔偿纠纷

十二、股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任赔偿纠纷

十三、董事、高级管理人员损害股东利益赔偿纠纷

十四、公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员损害公司利益赔偿纠纷

十五、清算组成员责任纠纷

十六、公司合并纠纷（确认合并协议无效）

十七、公司分立纠纷（确认分立协议无效）

十八、公司减资纠纷（确认无效或撤销）

十九、公司增资纠纷（确认无效或撤销）

二十、公司解散纠纷

二十一、公司清算纠纷

二十二、上市公司收购纠纷

其中大部分是与股东、股权有直接关系的纠纷，在司法实践中，常见纠纷有股权确认纠纷、股东名册变更纠纷、股东出资纠纷、股份收购请求权纠纷、股权转让纠纷等。
我现在就上述所列举的常见的股权纠纷进行简单阐述并根据案例简单地介绍实践中的对此种纠纷的处理方式。以下以有限公司为公司类型来具体阐述。
一、 股权确认纠纷： 股权确认的定义：股权确认实质上就是股东资格的确认。股权确认纠纷就是指第三方与公司或者股东之间，股东与股东之间或者股东与公司之间就股权是否存在以及持有比例多少发生争议而引起的纠纷。
诉讼中的当事人：该诉的原告是认为自己的股东资格没有被认可或者受到了伤害的主体，而被告是公司或者是公司股东，因为公司与股东的天然联系，因为该诉结果与公司、股东有着必然的利害关系，可能引起公司股权结构的改变，公司和股东均应参加诉讼。在原告与公司争执时，被告是公司，公司股东为诉讼第三人。在原告与其他股东争执时，被告是其他股东，公司为诉讼第三人。
一般认为，可以确认股权存在的证明有公司章程、公司章程、出资证明书、验资证明、工商股东登记、实际履行股东出资义务或者实际享有股东权利等六大证明。

（1）公司章程
章程是公司作为社团法人最为主要的象征之一，称为公司的“宪法”。章程是判断股东身份和股权的重要标志。我国公司法第十一条规定：“设立公司必须依法制定公司章程，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力”。第二十五条规定：有限责任公司章程应当载明“股东的姓名或者名称；股东的出资方式、出资额和出资时间”等，并规定“股东应当在章程上签名、盖章”。股东签署章程是其作为公司股东的真实意思表示。公司章程对内是确定股东及其权利义务的主要依据，具有对抗股东之间其他约定的效力；对外具有公示和公信力，是相对人判断公司股东的重要依据。
（2）股东名册
有关公司法律普遍要求各类公司形态都应置备格式规范的股东名册，我国公司法第三十三条规定：“有限责任公司应当置备股东名册”，“记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利”。股东名册是股东主张行使股东权利重要证明，由于股东名册仅仅是一种宣示性登记，自然具有它的局限性。
（3）出资证明书
我国公司法第三十二条规定：“有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书”。出资证明书应当载明“股东的姓名或者名称、缴纳的出资额和出资日期”。出资是股东实际缴付资本的行为，出资证明书是公司签发给股东的证明凭证。出资证明书也只是证权证券，而不是设权证券，并不能以没有出资证明书或没有规范的出资证明书否定真实出资者的股东资格。
（4）验资证明
我国公司法第二十九条规定：“股东缴纳出资后，必须经依法设立的验资机构验资并出具证明”。从而使验资证明具有极强的证明力。
（5）工商机关股东登记
我国公司法第三十三条规定：“公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人”。但是，不能认为股东权是在公司登记机关登记时才创设出来的，工商登记的目的在于将股权的归属及其变化向社会公示与披露，基于此种宣示性作用，成为第三人确认公司股东的重要证据。
（6）实际履行股东出资义务或者实际享有股东权利
如果当事人没有记载于公司章程或者股东名册上，公司没有为其出具出资证明书，验资机构没有验资，工商登记上也无法查到他的股东登记资料。但是该当事人却真实履行了股东出资义务，向公司实际缴付了出资，拥有注资凭单及财务账簿记载；或者实际享受了公司股东的权利，参加股东大会、参与股东决策、签署股东文件；分享了公司红利，公司和公司其他股东知悉和承认该当事人的股东身份。所有这些依然不失为股东权之一大证明。
综上，取得股东资格需要具备的条件包括形式条件即公众认知的形式，如公司章程、股东名册的记载，出资证明书的颁发、登记机关的登记等等，就此形成了形式证据。取得股东资格还包括实质条件即股东出资，这是股东取得实质资格的基础，如出资凭单、验资证明和实际承受股东权利义务的行为等等，就此形成了实质证据。两者缺一不可，同等重要，做为原告要努力寻求相关证据证明自己的股权存在，一一查找，切实补证，才可能在证据上夺人先声。

相关法条：
《公司法》第三十二条有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书。
出资证明书应当载明下列事项：（一）公司名称；（二）公司成立日期；（三）公司注册资本；（四）股东的姓名或者名称、缴纳的出资额和出资日期；（五）出资证明书的编号和核发日期。出资证明书由公司盖章。
第三十三条有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：（一）股东的姓名或者名称及住所；（二）股东的出资额；（三）出资证明书编号。
记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。
公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。
第七十四条依照本法第七十二条、第七十三条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三)：为正确适用《中华人民共和国公司法》，结合审判实践，就人民法院审理公司设立、出资、股权确认等纠纷案件适用法律问题作出如下规定。
及《最高人民法院关于审理外商投资企业纠纷案件若干问题的规定（一）》

【精品案例】
2000年A公司与B公司签订协议，共同建造经营浦东某开发区商贸中心。并以浦东某开发区商贸中心名义向银行贷款1000万元。 2002年间，A公司引进C公司参与浦东某开发区商贸中心的投资。并在浦东某开发区商贸中心章程中明确B公司占70％股份，C公司占30％股份。并且，A公司与B公司签订协议书约定：浦东某开发区商贸中心合同中属于B公司一方应享有的权利和承担的义务，由A公司、B公司共同享有和承担，所得利润和亏损由双方各半分摊。
2003年，B公司、C公司同意A公司委派朱某某为出浦东某开发区商贸中心董事会成员之一。此后，B公司按与A公司的协议，与A公司平均分配了浦东某开发区商贸中心的收益。之后，由于各种原因A公司担心其在浦东某开发区商贸中心的权益受损，于2006年初要求尽早解决其在浦东某开发区商贸中心中的法律地位问题。但一直争议不休，2006年7月，A公司向法院起诉，要求确认其在浦东某开发区商贸中心的股权，变更隐名股东为显名股东。
法院审理认为从协议中双方的权利义务来看，A公司的投资行为符合隐名投资的特征。根据《公司法司法解释三》的规定，Ａ公司与Ｂ公司之间的隐名投资协议系双方真实意思表示，也不违反我国法律和行政法规的强制性规定，因此Ａ公司与Ｂ公司之间的隐名投资协议有效，确认B在浦东某开发区商贸中心的投资中有Ａ公司的份额。但Ａ公司的权利是通过与Ｂ公司之间的隐名投资协议保证实现的，该协议的效力限于隐名合伙人和显名合伙人双方之间，Ａ公司不能以该协议对抗第三人。Ａ公司由于不具备浦东某开发区商贸中心显名股东地位，如要成为浦东某开发区商贸中心的显名股东，必须征得联营另一方Ｃ公司的同意，因其未征得Ｃ公司的同意，于法无据，驳回Ａ公司的诉讼请求。


分析公司股权确认纠纷大致有以下几种情况及判断标准：
1、自然人、法人或者其他组织向人民法院主张确认其享有公司股权的，须证明以下事实：
Ａ以货币、实物、知识产权、非专利技术、股权、债券、土地使用权等向公司出资；继受公司股权或者以合法方式取得技术股、赠与股等。
Ｂ已为公司章程或者公司股东名册记载为公司股东。
2、有限责任公司出资人履行出资义务或者股权受让人受让股权之后，公司未向其签发出资证明书或者未将其记载于公司股东名册的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行签发记载义务。
3、股份有限公司公司成立后，履行出资义务的股东，有权请求公司交付股票；公司不予交付的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行交付义务。
通过证券交易市场购买上市股份有限公司股份而成为股东者，其股东身份可以股票交易记录予以证明，其起诉请求公司交付股票的，人民法院不予支持。
4、记载于有限责任公司股东名册的公司股东向公司主张股东权利，公司无相反证据证明其请求无理的，人民法院应予支持。
有限责任公司未置备股东名册，或者因股东名册登记管理不规范，未及时将出资人或者受让人记载于股东名册，但以其他形式认可出资人或者受让人股东身份的，出资人或者受让人可以依照前款向公司主张权利
5、有限责任公司应当根据公司登记条例将出资人或者股权受让人作为公司股东向公司登记机关申请登记或者变更登记。公司不予申请登记的，出资人或者受让人可以向人民法院提起诉讼，主张其享有公司股权并请求公司履行登记义务。
股东向公司主张权利，公司仅以其未在公司登记机关办理股东登记抗辩的，人民法院对其抗辩不予支持。
6、有限责任公司出资人履行出资义务或者股权转让的受让人支付受让资金后，公司未向其签发出资证明书、未将其记载于公司股东名册或者未将其作为公司股东向公司登记机关申请登记的，出资人或者受让人提起诉讼，请求判令公司履行签发、记载或申请登记义务的，人民法院应予支持。
7、双方约定一方实际出资，另一方以股东名义参加公司，且约定实际出资人为股东或者承担投资风险的，如实际出资人主张名义出资人转交股份财产利益，人民法院应予支持；但违背法律强制性规定的除外。
一方实际出资，另一方以股东名义参加公司，但双方未约定实际出资人为股东或者承担投资风险，且实际出资人亦未以股东身份参与公司管理或者实际享受股东权利的，双方之间不应认定为隐名投资关系，可按债权债务关系处理。
在上述实际出资人与名义股东之间发生的纠纷中，可以列公司为第三人参加诉讼。
8、债权人向工商登记文件中的公司名义股东主张其承担出资不实的赔偿责任的，人民法院应予支持。名义股东向公司债权人承担责任后，可按照约定向实际出资人追偿因此遭受的损失。
在上诉纠纷中，公司债权人将实际出资人与名义股东列为共同被告的，人民法院可以根据案情判决双方承担连带责任。名义股东有充分证据证明自己系被他人冒名为股东的，不予承担责任。
二、 股东出资纠纷 定义：就是指股东是否按照股东的协议、公司章程全面履行出资义务而产生的纠纷。
股东出资纠纷类型：
(一)出资瑕疵股东对公司债务承担责任纠纷案(三)空股纠纷案
(二)公司股东出资不足责任纠纷案 (四)土地使用权出资纠纷案
诉讼中的当事人：该诉的原告是认为股东未有履行或全面履行出资义务，要求股东在出资义务范围内承担相应的责任。原告一般为公司股东、公司或债权人。
而被告是公司股东，因为公司与股东的天然联系，因为该诉结果与公司、股东有着必然的利害关系，可能引起公司股权结构的改变，公司和股东均应参加诉讼。在债权人与股东争执时，公司为诉讼第三人。
股东出资纠纷的处理方式：从法律的视角进行观察，出资纠纷可以说都是股东违反出资义务造成的。如果股东未按发起人协议或公司章程缴纳所认缴的出资、延期缴纳出资、缴纳出资有瑕疵、采取欺诈手段虚假缴纳出资，都构成对出资义务的违反，从而引发出资纠纷。


(一)公司其他股东要求违反出资义务股东承担违约责任的请求权
从股东之间关系来看，股东为组建公司而签订的发起人协议构成约束股东的合同，每一位缔约当事人负有按照发起人协议进行出资的合同义务，如果其中一个或几个股东没有履行或没有适当履行其出资义务，即构成对合同的违反，应当对其他股东承担违约责任。
公司的成立并不意味着协议的终止。股东或投资者间的关系和利益冲突，在公司成立之前，是由发起人协议调整，而在公司成立之后，则主要是由公司章程和公司法调整，但是并不意味着对发起人协议的摒弃。在存在分期缴纳出资的情形下，即便是公司已经成立了，如有股东在缴纳出资上违反了发起人协议，其他股东及公司仍然可以发起人协议起诉之。另外，有限责任公司的股东投资不到位，该股东又将股权转让给其他人的，对股权转让前公司的债务，原股东仍应承担因公司注册资金不到位而产生的法律责任。新股东知道原股东出资不到位仍接受股权转让的，由新股东承担因公司注册资本不到位而产生的法律后果。


(二)公司对违反出资义务股东的请求权
这种责任的追究属于公司对股东的权利，而不属于股东对股东的权利，因此，相应的诉讼当事人应以公司为原告，以未出资的股东为被告。同时，对出资责任的追究是公司法的强制性规定，无论公司本身还是公司的股东都无权改变或放弃，如果公司不予追究，股东应有权代表公司提起诉讼。如果公司放任不履行出资的行为持续，将构成公司法上的违法行为———虚假出资。
公司成立后，发现股东没有履行出资义务或没有适当履行出资义务的，可以采取多种救济手段：
(1)追缴出资。经公司追缴，股东仍不履行缴纳义务的，公司完全可依契约之债的性质，请求法院强制认股人缴款。此种救济手段在股东以现物出资的情形下更为常用。
(2)行使失权程序。否认违反出资义务股东的股权。对于未履行出资义务或未适当履行出资义务的股东，公司可以通过约定、诉讼或股东会决议的方式催告其于一定期限内履行或补充履行出资义务，逾期仍不履行或不完全履行即丧失或部分丧失股权。
(3)损害赔偿。它可以和其他救济手段并用。当其他救济手段不足以弥补所遭受损失的情况下，公司仍可主张损害赔偿。


(三)公司债权人在出资纠纷中的请求权
1.公司债权人对违反出资义务股东的请求权
司法实践中一般都认为出资不实股东应当对公司的债务向债权人承担责任。在股东出资不实的情况下，如果公司没有能力向债权人清偿，法院一般是根据债权人的申请将出资不实的股东追加为被告，判令该股东在出资不实的限度内与公司承担连带清偿责任。实践中的做法虽认为股东有过错，但对过错程度的认定却是以不实出资额为限的。股东对债权人的责任实际上是对出资义务的另一种承担方式。
2.公司债权人对负有责任的会计师事务所和金融机构的请求权
实践中，公司设立人员往往串通验资机构共同蒙蔽登记机关，在股东没有出资或没有适当出资的情况下取得法人资格，从事经营活动，给交易相对人带来法律风险。在此情况下，负责公司设立验资和为公司设立开始临时账户的银行应当负有一定责任。在公司不能清偿自身债务时，公司债权人可以要求负有责任的会计师事务所和金融机构承担补充责任。
3.公司债权人对负有责任的其他股东（含发起人）、董事、高级管理人员或者实际控制人的请求权
实践中，公司在出资、增资、虚假出资、抽逃出资过程中，其他股东（含发起人）、董事、高级管理人员或者实际控制人往往存在失职或提供协助义务，存在一定。在公司不能清偿自身债务时，公司债权人可以要求负有责任的其他股东（含发起人）、董事、高级管理人员或者实际控制人承担相应责任。

法律规定：
《公司法》第二十八条 股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
第三十一条 有限责任公司成立后，发现作为设立公司出资的非货币财产的实际价额显著低于公司章程所定价额的，应当由交付该出资的股东补足其差额；公司设立时的其他股东承担连带责任。
第三十六条 公司成立后，股东不得抽逃出资。
及最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三)

【精品案例】
A公司与B公司签订一份《合资合作协定》。约定：A公司、B公司双方共同出资组建“某消毒洗涤液制品有限公司”公司注册人民币5000万元，A公司以其拥有的消毒洗涤液高科技专有技术的全部自主知识产权及相关配套技术，注册商标等无形资产，作价人民币2550万元投入共同组建的公司，占公司注册资本的51%。B公司投入货币资本金人民币2450万元，占公司注册资本的49%。B公司在180天内将人民币2450万元全部到位。“协议”签署后，虽然经A公司多次催讨。B公司未能按协议履行出资义务，致使新公司组建进展缓慢，至今无法生产经营。为此，A公司请求法院判令：1、解除原B公司签订的《合资合作协定》；2、B公司支付A公司违约金、前期用、市场可的利益、商誉等损失。
法院审理认为，A公司、B公司签订的《合资合作协定》属于双方真实意思表示，不违法法律规定，应认定有效。B公司未按期足额缴纳出资额，应向B公司承担违约责任并赔偿因此造成的损失。
三、 股权转让纠纷 定义：股权转让是指公司股东依法将自己的股份让渡给他人，使他人成为公司股东的民事法律行为。
股权转让纠纷种类：1、股权转让合同的违约纠纷；2、股权转让合同的无效和撤销纠纷；3、股权转让合同生效后，因办理股权工商变更登记而产生的纠纷。

股权转让纠纷的几种形式及司法救济对策：

一、违反转让限制规定产生的纠纷之情形及法律适用
１、违反法定限制规定
有限公司向非股东转让股权受三个法定条件限制：１、需全体股东过半数同意；２、其他股东放弃优先购买权。
未经达到上述要件向非股东转让股权的行为，违反了法律规定，是否一律无效？一种效力待定的行为，如果其他股东追认的，则转为有效。转让人与受让人之间发生纠纷的，法院可先将诉讼情况通知公司，限期在一定合理期限内征求其他股东的意见，在期限内作追认的及不作相反意思表示的（视为同意转让）相加超过全体股东半数，不同意转让的股东又不购买该转让出资且无任何股东主张优先购买权的应认定转让行为（合同）有效。经诉讼中的一定征询期后，仍不能满足公司法第72条规定的条件的，则应认定股权转让行为无效，按无效返还及依过错赔偿损失的原则处理。
２、违反约定限制规则
股东之间的约定主要体现在公司章程中，公司章程是股东共同协商制定，在公司成立后对全体股东具有法律约束力，具有契约性质。这种约束力对持反对意见及后续加入的股东同样有效。
公司章程对股权转让的限制规定有的严于公司法的规定。如有的公司章程规定股东向非股东转让股权，必须经全体股东２／３同意，甚至规定需经其他股东一致同意。违反约定限制规则在股权转让是否无效，这一主张是否应获支持？
公司法第72条规定“公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。”因此违反约定限制规则在股权转让是否无效。
若股东之间的约定可能体现在投资协议当中，因投资协议仅对签署各方有约束力，
该情形下，股权转让符合法定条件，应认定有效，但出让人违反公司投资协议约定，应向其他股东负违约责任。


二、出让人为实际投资未到位者或抽逃投资者产生的纠纷之情形及法律适用
此类纠纷主要分为两种情形：一是股权受让人要求撤销股权转让合同或确认其无效；二是公司债权人要求出让人、受让人对公司债务承担责任。若出让人在转让股权时，对受让人隐瞒了真实情况，受让人可以欺诈为由撤销合同，或以违法为由主张合同无效。公司债权人因追索债权，将受让人与公司列为共同被告，审理中受让人又以欺诈或违法为由主张撤销转让合同或主张转让合同无效的，应告知受让人另行起诉，本案中止审理。若公司债权人将出让人、受让人及公司一并列为共同被告，受让人提出撤销之诉或无效之诉时，可一并审理。查明股权转让时受让明知或应当知道出让人出资不实情况而接受转让，或事后知道该事由而未及时提出撤销诉讼或无效诉讼的，视为其已同意在受让时同意承担出让人投资不实的责任，受让人的撤销或无效主张不应予以支持。受让人同意承担责任并不能免除出让人对第三人的责任。公司注册资本是公司作为市场主体而存在并运行的基础，公司设立时出让人真实出资是法定义务，是对外承担责任的基础，出让人出资不实并延续于受让人，出让人与受让人有共同过错行为，由此产生的对外责任应共同负责，即出让人与受让人对债务负有连带责任。如果受让人无过错，股权转让会被撤销或被认定无效，受让人无须对第三人承担责任。


三、股权受让人在变更工商登记中产生的纠纷之情形及法律适用
股权转让合同依法订立之后，受让人支付价款，转让人及时通知了公司，但公司拒不办理或拖延办理股东名册变更、工商变更登记，使受让方无法享有、行使股东权利，进而引发纠纷。受让方因此主张解除股权转让合同，要求转让人返还转让价款并赔偿损失，其主张应否得到支持？
股权转让合同依法订立之后需依法履行。由于股权不同于传统的物权或债权，其履行方式也有特殊之处。在股权履行中，受让方的主要义务是按约定向转让方支付转让款，而转让方的主要义务是向受让方转移股权。但合同转让标的为股权，转让方交付的义务实际上只能体现为对公司的一种通知行为，即转让方将股权转让事实及要求公司依法办理变更登记手续的意思以书面方式通知公司，至此，转让方的合同义务已履行完毕。
我国公司法第72条规定：“依照本法第七十二条、第七十三条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。”我国公司登记管理条例第３5条规定：“有限责任公司股东转让股权的，应当自转让股权之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。”此由可见，股东转让股权涉及两个登记变更：一是公司股东名册变更；二是股东工商登记的变更。这两个登记变更都应由公司出面来完成，是公司的义务。如果公司未能及时完成两个登记变更，受让人应以公司为被告要求公司履行法定义务并可要求赔偿损失。因转让人不存在违约行为，股权转让合同不能解除，更不能要求转让人负赔偿责任。
自公司接到转让人要求变更登记之日起至实际完成变更登记之间有一段期间，该段期间内的股东权利义务归属于谁呢？
《国家工商行政管理局关于股权转让有关问题的答复》（工商企字（2000）第２６２号）中规定：“股东转让股权，出让人与受让人签订转让协议后，受让人直接支付出让人已缴付公司的出资额，不必再向公司重新入资，经公司登记机关核准变更登记后，成为公司股东。”因此，在股权变更登记之前，股东权利义务归属于转让人所有，若转让人违反协议对股权进行处分，第三人为善意时，只能按照协议约定追究其违约责任、而不能提出撤销之诉或无效之诉。若公司未能及时进行变更登记，受让人只能要求公司依法履行义务，但不能直接诉请法院认定其为股东。

法律规定：
《公司法》第七十二条“有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。”
及最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三)
【精品案例】
2006年初，Ａ将50万元借给江门一燃料物资股份公司(Ｂ、Ｃ两人持股各12%，Ｄ持股７６％)的两位股东Ｂ和Ｃ，后一直偿还借款。于是200６年6月双方另签协议，将Ａ的50万元中的25万投入公司构成三人各8%的公司股权。另25万元由Ｂ、Ｃ两人从每年公司分红中各提取50%偿还Ａ，不计利息。200７年9月，Ａ参加股东大会，行使股东权利表决任命新董事长并在大会决议上签名；200７年11月，Ａ与Ｄ签订《股权转让协议》，Ｄ将公司２２％股权转让给Ａ。但是，公司一直未将Ａ股权及变更情况向工商机关办理登记，200８年4月，Ａ具状诉至广东省江门市蓬江区人民法院，请求公司履行向工商机关办理股东变更登记的法定义务。在诉讼过程中，股东Ｂ、Ｃ提出Ｄ向股东以外的第三人A转让股权时未经Ｂ、Ｃ同意，且要求行使有优先购买权，要求确认A、D的股份转让行为无效。
法院审理认为:股东向股东以外的人转让股权，应经其他股东过半数同意，D向A转让股权时，未有征得其他股东同意，也未经公司开会表决，导致其他股东无法行使优先购买权，因此，股份转让合同无效，A请求公司向工商机关办理股东变更登记没有依据，据此驳回A的诉讼请求。

四、 总结 随经济往来日益频繁，公司股权的变动也呈上升之势，由于公司股权法律关系涉及的利益各方关系复杂，既有公司股东之间的确权纷争，也有公司股东和公司之间的资格纷争，因此，对股权关系的准确把握，对化解矛盾、解决纷争，保持公司的稳定运行具有重要的作用。
在司法实务中，股权纠纷主要发生在投资和转让环节。投资环节中，多出现在纠纷当事人之间存在有一方名义投资、一方实际投资的约定，双方对约定的认识不一致，难以达成协商一致，最后引发诉讼。
个人认为，此约定是当事人之间的约定，是当事人双方之间的约定。对其效力的认定，应依合同法的原理进行处理。合同的约定应具有相对性，只在当事人之间产生效力，对第三人没有约束力。因此，对公司，并不产生效力，实际的出资人不能对公司主张行使股东权利。那么，实际出资人如何寻求权利救济？实际出资人可以提出确权之诉，诉讼中，实际出资人应举证，一是有限责任公司有二分之一以上的股东明知实际出资人的出资（或者同意）；二是在公司运行过程中，认可其以实际出资人的身份行使权利，这种权利的行使在时间上应有连续性。如果确权之诉得到法院的支持，实际出资人应及时办理相关的股权变更及登记手续。在转让环节中，多出现股东的转让没有经过其他二分之一以上股东的同意，转让协议的效力和股东身份是否对公司产生效力上。有限责任公司股东向股东以外的他人转让股权，应严格按照《公司法》的规定征求公司其他股东的同意，如果未经过其他二分之一以上股东同意转让股权或，在签定转让协议后公司其他二分之一以上股东仍不同意的，签定的股权转让协议对公司不产生效力。在此情况下，受让人可以向转让人主张承担违约责任，但是，如果受让人明知转让人的转让行为没有得到其他法定股东人数同意而签定转让协议的，受让人是不能向转让人主张承担违约责任的。其依据是《公司法》规定的程序是强制性的，其立法的目的是为了维护公司的人合性。股权转让协议得到其他法定人数股东同意的，转让协议对公司产生法律效力，公司有义务办理股权的变更登记手续。如果公司不协助办理变更登记手续，受让人可以向公司提起确权诉讼，维护自己的权益，但是，不能对转让人提起撤销诉讼。