规定指出，农村信用社实行民主管理，其权力机构是社员代表大会；理事会是社员代表大会的常设执行机构，由五名以上（奇数）理事组成。理事均由社员担任；监事会是农村信用社的监督机构，由三名以上（奇数）监事组成；信用社实行理事会领导下的主任负责制。农村信用社设主任一人，为法定代表人，副主任二至二人。农村信用社规模较小的，其主任、副主任可由理事长、副理事长兼任。

　　办法规定，城市信用社由全体社员组成社员大会。社员大会是城市信用社的权力机构，依照本办法行使职权；城市信用社设立理事会，其成员为5～11人。理事可由社员担任，也可由非社员担任，但非社员理人数不得超过理事会成员的20%.非社员理事不得担任理事长、副理事长。理事长为城市信用社的法定代表人；城市信用社设立监事会，其成员为单数，但不得少于5人；城市信用社实行理事会领导下的主任负责制。主任由理事会聘任或者解聘。城市信用社主任和副主任不得由理事长兼任。

　　综上可见，二者在组织机构上主要有以下不同：第一，权力机构不同。农村信用社的权力机构是社员代表大会；而城市信用社的权力机构是社员大会。第二，理事会组成上的不同。农村信用社的理事会由5名以上理事组成，没有上限的规定并且均由社员担任；城市信用社的理事会由5－11名理事组成，可以由非社员担任但人数不得超过理事会成员的20%.第三，监事会组成上的不同。农村信用社的监事会由3名以上监事组成；而城市信用社要求是5名以上。第四，法定代表人不同。农村信用社的法定代表人是主任；城市信用社为理事长。第五，农村信用社在规模较小时，其主任、副主任可由理事长、副理事长兼任；城市信用社的主任和副主任不得由理事长兼任。