目前大多数人认为，行政合理性原则不能适用于司法机关所主持的行政诉讼活动。理由主要是我国《行政诉讼法》第五条规定：“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”《行政诉讼法》第五条规定确立了行政诉讼合法性审查原则，没有确立合理性审查原则。行政合理性原则作为我国行政法的一项基本原则，然而不能适用于司法机关所主持的行政诉讼活动。从我国审判实践来看，法官基本上都是在适用行政合法性原则来审理行政案件。应当说这是基本上符合我们的现实需要的，这应当是行政审判的常态。但是问题在于，人民法院在审理一些较为特殊的案件时，如果只是僵硬地适用行政合法性原则，就会在实际审判的过程中发生种种不合理的情形，往往判决的结果并不能为当事人所接受，甚至会出现根本不合情理的情况。行政机关也有可能借法院只能进行合法性审查的幌子，利用行政自由裁量权肆意侵犯行政相对人的利益。因此人民法院适当地运用合理性原则来进行审查是必要的。
首先，从程序的角度来看。程序合法是行政合法性原则的一个重要方面。这是因为随着个人在国家权力运行中主体地位的确定，行政程序不仅是实现行政目标的工具，更是制约行政权力滥用的重要保障。行政程序在此层面上，成为保证行政过程公正、制约行政权力滥用的重要保障。可见，程序法定对于权力制约和权利保障有着极其重要的意义。但是遗憾的是，我国迄今为止还没有一部统一的行政程序法，对行政机关的办事程序规定基本的原则和规则。即使在某些行政管理领域或者行政管理事项上，程序规则可能已经比较完备，但是在其他领域或事项上，依然停留在少有规则可循甚至无规则的状态。即使少数领域有程序规则，但是由于行政自由裁量权的存在，仍然有滥用权力侵犯相对人权利的危险。忽略法律程序规则的做法，把行政法视为行政机构手中凸现其国家本位的工具，而全不考虑自然公正或程序合法”。例如我国《行政处罚法》对行政机关作出行政处罚前的事先告知程序并没有具体的形式规范和具体要求，行政机关对此往往有较大的行政裁量权。而这种行政程序裁量的存在及其裁量结果就其性质而言无疑是合理性问题。在这种情况下，法院运用合理性审查原则来审查行政行为，可以弥补合法性审查的形式法治主义的不足，对行政机关的肆意和滥用职权等行为加以调控和矫正。在少有规则可循甚至无规则的领域，法官运用合理性审查的原则，可以从自然正义和正当程序的角度给当事人较大程度的权利救济。

其次，在行政审判中运用合理性原则是对实质正义的追求，是克服僵化死板的法条主义的体现，是对形式法治主义的超越。在审判实践中经常会遇到合理不合法或合法不合理的问题，在“合法”与“合理”之间很难作出选择。而现实中最大的问题在于形式法治存在着制度与现实的巨大紧张。对法院来说，最保险的办法是寻求制定法的明确规定，以之作为判决的唯一依据。当固守制定法的时候，有时显得苛刻而不近人情；而一旦没有法条的相应规定，对行政机关也对法院可能毫无羁束，尽管在现实中制定法常常能够为法律决定的正当性提供巨大屏障，但面对合法不合理的现象，法律决定的正当性不可能仅仅建立在形式理性的挡箭牌下，法院也很难以制定法有规定或者有缺陷为由，而拒绝实质合理的要求。从这个意义上说，法院在审判中运用合理性审查的原则来对行政行为进行审查无疑是一种必要。因此人民法院在行政合法性原则与行政合理性原则的互动关系上进行深化理解，并在行政行为司法审查和司法监督的广度与深度上，适度加以调整，在司法视野从传统的形式上的合法性审查原则的简单执行，向现代的实质的合法性审查扩展，让现代司法审查理念在行政法官中得到萌芽并生长。

第三、现行《行政诉讼法》中规定的“滥用职权”、“裁量明显不当”，对此进行认定，同样也离不开合理性审查，在审理过程中势必超越成文法的字面规定，以立法目的和精神、普遍的公平正义观念甚至常人的理性等标尺，对行政行为进行检验和评价。从法院自身的性质、地位以及司法的性质来看，适当地适用合理性原则会促进和保证公正的实现。作为社会正义的最后一道防线，法院有必要给当事人一个公正的说法。运用合理性审查的原则来进行行政审判可以保证诉讼结果更易被诉讼当事人所接受。可接受的诉讼结果是各种合法性观念的共有之义，换言之，无论是要求行政行为必须合乎实在法的规则或原则，还是要求行政行为必须与学理阐述的法律原则、社会价值、习惯或习俗相一致，所有的主张无非都在表达一种理念，即行政行为唯有符合一定的标准，才是可以接受的。

行政行为合法性审查的原则不能对行政行为的合理性进行审查，在一些情况下，虽然表面上看来合法性问题已经得到了解决，但是往往并不能解决问题，纠纷并没有得到实际的解决。甚至在一些情况下，只进行合法性审查不仅不能使纠纷得到最终的解决，就连对行政机关的监督作用也是非常有限的。因此基于实际的需要，有必要在行政诉讼中确立行政诉讼纠纷解决这一目的。在我看来，如果确立了这一目的，在一些案件中就势必会运用合理性审查的原则，不仅达到纠纷解决的目的，还会使法院真正成为社会正义的最后一道防线。