一、确立行政行为合理性司法审查制度在理论上的困难
    根据行政诉讼法的规定，我国对行政行为的司法审查主要是以合法性为标准，仅对显失公正的行政处罚可适用合理性标准。细细查看国外行政合理性原则的发展演变历程，他们所确立的行政合理性始终是法院审查行政行为合法与否的依据，而我国在引进他人的制度时，不注重对该制度的历史逻辑背景的分析，脱离了该制度背后所隐藏的深刻内涵，只部分吸收了行政合理性原则的内涵。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，人民法院只能对具体行政行为的合法性进行审查，对只有在行政处罚显失公正时，才可以对其合理性进行有限度的审查，做出变更的判决。可是，为什么立法者没有统统将对具体行政行为的合理性审查权赋予法院呢?进而，为什么法院做出变更的判决，只限于行政处罚显失公正的情形，而不可以扩展至其他领域?《行政诉讼法》的有关规定没有体现现代国家行政权和司法权合理配置的要求，表明立法者在规定对行政行为的合法性进行审查，只对行政处罚显失公正时，才可以对其合理性进行有限度的司法审查时，盲目抱着司法权有限的错误观念，赋予了行政权太多的自由空间。
    其实，我国《行政诉讼法》的相关规定并不是偶然，造成对行政行为合理性进行全面司法审查制度确立的困难主要原因在于受困于如下观点:认为确立行政合理性司法审查意味着司法权变相取代行政权，法院对行政行为合理性审查会导致越权行政;认为赋予法院行政合理性司法审查权会打破现有的权力格局，削弱行政权;认为司法权对行政权干预过多会降低行政效率，导致消极行政。有学者认为法院并不掌握行政领域的知识，司法权插人一个自己不熟悉的权力范围只有百害无一利;认为确立行政合理性司法审查制度将导致司法裁量权的滥用。有些学者认为合理性是很抽象的，这个度法院并不好把握，也很难把握。为了避免司法权滥用，不如不要确立这种制度，一劳永逸。
　　总之，理论上的思想误区使得在我国确立行政合理性司法审查制度举步维艰。
　　二、确立行政行为合理性司法审查制度在实践中的困难
    在我国，行政法学界历经10多年的探索与争鸣，到上世纪80年代末90年代初，行政合理性原则已成为行政法学界的公认原则。在制度层面，自建国以来颁布的大量行政性法律、法规和规章均在一定程度上体现了合理性精神，在行政合法性原则的基础上，提出了进行行政合理性控制的问题。现行的法律制度，对行政自由裁量权的合理性控制有两条途径，一是行政复议，属行政系统的内部监督。《中华人民共和国行政复议法》第一条、第三条第三款规定，对具体行政行为是否合法与适当进行审查。这里的“适当”包含着行政合理性的复议审查。二是行政诉讼，属行政系统外的司法监督。《中华人民共和国行政诉讼法》第五十四条第四款规定，“行政处罚显失公正的，可以判决变更”。这里的“公正”应当包含着对具体行政行为的不合理予以审查，有学者认为可以理解为行政合理性有限司法审查。但是，这两种行政合理性控制途径均因自身固有的局限而在实践中远未达到立法目的。
    (一)行政合理性复议审查的缺陷
    《中华人民共和国行政复议法》第一条、第三条第三款明确规定，行政复议法不仅要审查具体行政行为的合法性，而且要审查其适当性。该规定说明我国行政复议有两条并行不悖的审查原则，即合法性原则与合理性原则。行政复议法的颁布是继行政诉讼法实施以来我国行政法治发展的重要一步，对防止和纠正违法或不当的具体行政行为，实现依法行政，发挥了重要作用。但由于复议制度本身及其他相关因素的制约，在控制自由裁量权方面，远未实现立法初衷，主要体现在下面几个方面:
第一，现行行政复议制度违反中立制度，软化了合理性监督。《行政复议法》第十二条到第十五条所规定的复议机关可概括为:或是被申请复议的行政机关的上一级政府或上一级主管部门，或是作出具体行政行为的行政部门的本级政府，或是设立该派出机关的部门或政府，甚至就是被申请复议的行政机关本身等等。这样，复议机关与被复议机关之间存在行政隶属关系，有紧密的连带利害关系，加上地方保护主义、部门保护主义，就更强化了这种连带利害关系。“任何人不得当自己案件的法官，这是英美司法的古老信条。我国的行政复议制度与这一法学公理相悖。在利益的驱动下，复议机关很难超脱出来站在客观公正的立场上作出裁判。这种制度性缺陷弱化了复议制度的内部监督作用，难免会蒙上一层“官官相护”的阴影，动摇了民众对复议的信任，造成复议制度形同虚设。
    第二，现行行政复议制度存在诸多缺陷，弱化了合理性监督。在实践层面，行政复议制度有以下几大缺陷。(1)申请人投诉无门。行政复议作为一种解决行政纠纷的手段，具有较为严格的程序要求。行政复议的引起必须以申请为前提，由于行政机关不履行告知义务及复议管辖错综复杂等原因，复议申请人投诉无门的情况时有发生。(2)复议机构组织不健全。行政复议具有很强的程序性和技术性，它要求复议机构和人员保持稳定，否则就难以保证行政复议工作的规范化和正常化。但是，除公安等少数部门有较健全的复议机构外，大多数行政复议机关在事实上有名无实。这种状况在很大程度上削弱了复议制度的固有功能。
    由于行政复议制度违反中立原则的根本缺陷及其他诸多缺失，实践证明，它不能有效地控制行政自由裁量权，从而不能有效地保护行政相对人的合法权益。总之，复议制度作为行政合理性终极审查制度是靠不住的。
    (二)行政合理性有限司法审查名存实亡
    《中华人民共和国行政诉讼法》第五条规定:“人民法院审查行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”这一规定确立了我国行政诉讼的合法性司法审查原则。同时，有些学者认为，《行政诉讼法》第五十四条对滥用职权、延履行、行政处罚显失公正等行政行为，人民法院可以判决撤销或变更的规定，赋予了人民法院对行政行为的合理性有限司法审查权。但笔者认为，《行政诉讼法》所确立的合理性司法审查原则，即使是有限的审查，亦是名存实亡。
    《行政诉讼法》第五十四条关于滥用职权、拖延履行的行政行为的规定并未明确授予人民法院合理性司法审查。行政自由裁量权的错位有违法形态和不当形态两类。违法形态(超出了法定幅度)包括超越自由裁量权(即超越职权)、滥用自由裁量权(即滥用职权)、放弃或拖延行使自由裁量权(即不履行或拖延履行法定职责)。不当形态(在法定幅度内)主要表现为滥用职权和拖延履行两种。由此可见，滥用职权和拖延履行既是违法形态的表现形式，又是不当形态的表现形式。这种违法形态和不当形态在表现形式上的一致性，使许多学者认为行政诉讼法第五十四条关于滥用职权、延履行的规定就是授予人民法院进行行政合理性审查权的依据。实则不然。这两种形态的滥用职权和拖延履行是形似神非，它们之间有错位程度之别。错位严重(即违反合法性原则，达到违法程度)构成违法形态，错位较轻(即违反合理性原则，未达到违法程度)构成不当形态。法律必须保持内部和谐，根据《行政诉讼法》第五条确立的合法性审查原，只有当滥用职权、拖延履行达到违法程度才会受到法院审查，未达到违法程度的则不受审查。所以，第五十四条规定的只是违法形态的滥用职权与拖延履行，并未明确授予法院合理性司法审查权。
    《行政诉讼法》第五十四条第四款关于行政处罚显失公正，法院可以判决变更的规定，即使赋予了人民法院对行政处罚的有限合理性司法审查权，但这对于行政相对人来说意义不大。因为对于显失公正的行政处罚，法院可以判决变更，也可以不判决变更，法院对此有选择权。在现行体制下，法院的人事权、财权都受制于行政机关，法院会选择变更吗?更何况法院不判决变更也不违法。在实践中，法院判决变更的确实很少，这就使有限的合理性司法审查权名存实亡。
    理论层面的困难和实践中的困难，使确立行政合理性司法审查制度的确不易，加上我国的法官素质还普遍不高，更增大了推行这一制度的难度。