公司将从税后利润中提取的法定公积金和任意公积金转增注册资本，实际上是该公司将盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利增加注册资本。因此，根据《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》【国税发〔1997〕198号】的规定，对属于个人股东分得并再投入公司（转增注册资本）的部分应依照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税，税款由股份有限公司在有关部门批准增资、公司股东会决议通过后代扣代缴。