案例：被告人李某系某电子有限公司总经理。公诉机关以偷脱罪将李某起诉至法院。在开庭审理过程中，法院发现被告人所在的单位构成偷税罪，被告人系该单位的主管人员之一，遂依最高人民法院《关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》（以下简称《解释》）的规定，建议公诉机关补充起诉被告人所在单位。但公诉机关坚持不起诉被告人所在单位而只起诉被告人个人。

  　　在本案审理过程中，如何认定被告人的责任、对刑法第三十一条如何理解，主要有两种不同意见。

  　　第一种观点认为：既然公诉机关未起诉犯罪的单位，法院在开庭审理时，可以依照《解释》第178条的规定，首先建议检察机关补充起诉。如果检察机关不接受法院的意见，法院仍应按照起诉指控的事实和依法认定的证据作出裁判。由于起诉书中并未指控单位犯罪，即使能够认定被告人确系单位犯罪直接负责的主管人员或者其他直接责任人员，法院的判决书中仍不能径行将单位列为被告。但在经审理查明的事实中，必须表述清楚，被告人系以单位名义、为单位利益而实施犯罪，且其违法所得归单位所有，属单位犯罪，被告人承担主管人员或者其他直接责任人员的刑事责任。判决依据则须引用刑法分则中有关单位犯罪处刑的相应条款，只判处个人。因此，应认定被告人李某犯有偷税罪，并承担相应的刑事责任。

  　　第二种观点认为：既然案件属单位犯罪，公诉机关未起诉单位犯罪，那么，即使经过开庭审理，法院认定被告人确系单位直接负责的主管人员或者其他直接责任人员、以单位名义、为单位利益实施犯罪，且其违法所得归单位所有，法院也不能以单位犯罪、被告人系单位的主管人员或者其他直接责任人员而引用刑法分则中有关单位犯罪处刑的相应条款，只判处被告人个人承担刑事责任。因此，对本案被告人应以证据不足判决无罪。

  　　笔者赞同第二种观点，依据主要是以下两点：

  　　第一，条文的逻辑依据。刑法第三十一条规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。”笔者认为，运用该条应注意两点：首先，单位犯罪是“对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚”（双罚）的首要条件。因此，既然公诉机关没有依法指控单位犯罪，那么，法院依法不能认定单位犯罪，也不能单独判处直接负责的主管人员和其他责任人员承担刑罚，否则，就违反了基本的逻辑规则。其次，“对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚”是并处，即同时实现。如果仅对单位判处罚金或仅对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚，就是错误地理解了该条的内涵，违背了法律规定。因此，可以说，公诉机关未指控单位犯罪，但法院判决单位犯罪，系程序违法；公诉机关未指控单位犯罪，法院亦未在判决中认定单位犯罪，在查明的事实中认定被告人为单位利益实施犯罪，且违法所得归单位所有，即如第一种观点所述，同样是没有正确理解刑法的条文，属适用法律不当。

  　　第二，法理依据。有人认为，按第二种观点会有放纵罪犯、打击不力之嫌。其实，这种观点是囿于对传统刑法、刑诉法及法院地位的理解。首先，新刑诉法明确规定了控辩式庭审方式，指控犯罪系公诉机关之职能，证据不足的无罪判决系存疑无罪，公诉机关一经补充侦查，事实清楚，证据充分，可以依法起诉，并不会因此放纵罪犯；相反，如果公诉机关对已属单位犯罪的案件却不依法起诉犯罪单位，就是属公诉机关没有依法行使职权、放纵犯罪；其次，控辩式庭审要求法院仅就公诉机关指控的事实进行审理，经庭审调查取证后依法作出判决，对公诉机关未指控的犯罪事实不予认定，即通常说的“不诉不理”。由此可见，公诉机关未指控的单位犯罪，法院不应该也不能在判决中认定，既然如此，仅判处单位犯罪的直接主管人员就是适用法律不当。