一、履行判决的适用范围是否包括行政机关明确拒绝相对人申请的行为？
由于行政诉讼法第五十四条对行政不作为的救济方式规定得比较简单和模糊，造成在履行判决适用范围上认识不统一。分歧的焦点主要集中在是否包括行政机关明确拒绝相对人申请的行为。有的学者从形式意义上来理解行政不作为，认为行政诉讼法第五十四条规定的“不履行或者拖延履行”，仅指行政机关对相对人的申请不予答复的行为；至于行政机关明确拒绝相对人申请的行为，不属于不作为的行政行为，如果错误，法院不应适用履行判决，而应适用撤销拒绝行为的判决，并可判决行政机关重新作出具体行政行为。但通说认为，按照此种理解，对行政不作为的救济被分化，导致履行判决的适用范围缩小。从美国、德国和我国台湾地区对行政不作为的救济来看，均是从实质意义上理解行政不作为并以此确定课予义务判决的适用范围。在美国，强制履行判决针对两种情形：不合法拒绝的和不合理迟延的。在德国，则被表述为不作为之诉和否定决定之诉。前者针对的是有管辖权的行政机关既没有拒绝，也没有作出被申请的行政行为；后者针对的是行政机关已经通过否定性决定拒绝作出行政行为。在我国台湾地区，课予义务诉讼针对两种情形：一是不履行；二是拖延履行。不履行是指行政机关明确拒绝公民、法人或者其他组织的申请；拖延履行是指行政机关不及时履行法定职责，或在法定时间里没有对申请作出答复。这两种情形被界定为怠为处分之诉及拒绝申请之诉。两种诉讼的实体判决要件虽有差别，但原告起诉之声明均属要求行政机关应为行政处分或应为特定内容之行政处分。
我国行政诉讼法并没有把行政机关明确拒绝相对人申请的行为排除在不履行法定职责之外。从文义上分析，行政诉讼法第五十四条第（三）项应当包含两种情形，一种是“不履行”，另一种是“拖延履行”。相应地，也应当从以下两个层面理解：第一个层面是不予答复。例如起诉人申请行政机关颁发许可证和执照，行政机关不予答复的；起诉人申请行政机关履行保护人身权、财产权的法定职责，行政机关不予答复的。第二个层面是明确表示拒绝履行。例如起诉人申请行政机关颁发许可证和执照，行政机关拒绝颁发的；起诉人申请行政机关履行保护人身权、财产权的法定职责，行政机关拒绝履行的。对这两种情形，均应当适用履行判决，而不必对明确表示拒绝履行的行为适用撤销判决。
二、在判决中除要求行政机关履行职责外，法院有无权力指明行政机关应如何履行职责，即要求行政机关作出原告所申请内容的行为？
对此问题，目前有三种观点，即：（1）原则判决说。认为履行判决的内容只能是要求行政主体在一定期限内履行法定职责，而不能对行政主体如何履行职责提出要求，否则就有司法权侵犯行政权之嫌。（2）具体判决说。认为履行判决不仅应当包括要求行政主体在一定期限内履行法定职责的程序内容，而且应当包括履行事项、履行要求及履行数额等具体内容，否则会影响诉讼效益，导致重复诉讼。（3）情况判决说。认为不同的行政不作为违法需要不同的履行判决内容，通常对涉及为第三人设定义务或涉及行政自由裁量权的不作为，应采用原则判决说；对涉及给予相对人授益性的、羁束性的不作为，应采用具体判决说。
也有学者提出原则特殊说，认为从司法权只能监督制约行政权，而不能代替行政权的原则来考虑，法院不应具体要求行政机关作什么或不作什么。但从相对人的角度考虑，法院指明行政机关履行职责的方向，更有利于对相对人的救济。因此主张给予法院在要求行政机关如何履行职责方面一定的裁量权。原则上，法院应保持一定程度的自律，但特殊情况下，可直接要求行政机关为一定的行为。这种观点并不一概排斥具体判决，但只把它作为一种特殊情形。这与其他国家和地区的规定并不相同。
在德国，如果义务之诉具备理由，则法院就宣布行政机关的义务：行政机关应作出原告所申请的职权行为。判决主文一般这样表述：被告有义务向原告颁发……的许可。但例外的是，如果裁判时机尚未成熟，法院就应作出答复判决。这种判决使行政机关有义务对原告作出答复，而不仅仅确认其拒绝性决定的违法性，就此而言，它也是一种真正的施加义务的判决。答复判决的效力不仅包括行政机关有义务作出新的答复，而且也包括“法院的法律观”——它体现在答复判决的决定理由中。此类答复判决的主文格式是：（1）撤销……的决定和……的复议决定。（2）被告有义务，在重视法院法律观的基础上，对原告关于……的申请重新作出决定。
我国台湾地区“行政诉讼法”第二百条第一项规定：“原告之诉有理由，且案件事证明确者，应判命行政机关作成原告所申请内容之行政处分。”这似乎是一个普遍原则；第二项又规定：“原告之诉有理由，惟案件事证尚未臻明确或涉及行政机关之行政裁量决定者，应判命行政机关遵照其判决之法律见解对于原告作出决定。”这似乎属于一种特殊情形。而且，在这种情形下，即便不直接判决行政机关为一定行为，也还是行政机关遵照判决所表述的法律见解作出决定。后一种情形针对的是原告之诉部分有理由、部分无理由，尽管原告请求法院判决被告“作成原告所申请内容之行政处分”，法院也要限缩至只判决被告“作成决定”。这样做的效果是，避免司法机关直接代替行政机关作出具体决定，又给予行政机关一定的指示；既保持了司法的克制以及对行政权的尊重，又兼顾了诉讼效益。
在我国的司法实践中，比较普遍的做法是采取原则判决的方式。这其实是对司法权不得侵犯行政权的机械理解。从行政诉讼法的条文看，并没有规定法院不能明确要求行政机关作出原告所申请内容的行为。最高人民法院公报也曾发布过具体判决的案例，例如2005年第7期刊登的《杨宝玺诉天津服装技校不履行法定职责案》，判决主文是：自本判决生效之日起六十日内，被告天津市服装技术学校颁发原告杨宝玺的毕业证书，第三人天津纺织集团（控股）有限公司予以协助办理。因此，笔者主张，在适用履行判决时，应当掌握如下原则：原告主张有理由且涉及行政机关羁束性行政行为的，应当作出具体判决，即判决被告作出原告所申请内容的行政行为。这是一般原则。特殊情形是，原告主张有理由，但案件事实证据尚未明确，裁判时机尚未成熟，或者涉及行政机关行政裁量决定的，应当作出答复判决，即判决被告行政机关有义务对原告作出答复，同时，可以在裁判理由部分阐述法院的法律见解。
三、对于明确拒绝申请的，在判决中是否应当对拒绝申请的决定予以撤销？
如果行政不作为包括行政机关明确拒绝相对人申请的行为，这就涉及到一个问题，在判决中，对于行政机关拒绝申请的决定应否予以撤销？对这一点，台湾学者曾有争论。有的主张：在怠为处分之诉，根本无原处分或原决定之存在，原告起诉声明直接写明被告机关应为之行政处分即可，至于提起拒绝申请之诉，必然有拒绝原告申请事项之公文书存在，起诉声明是否应先写原处分及原决定均撤销字样？值得研究。按拒绝申请之诉作用即在替代撤销诉讼，以单一之起诉声明俾能“毕其功于一役”，因之似应认为不必先请求撤销原处分及原决定，从而，行政法院之判决主文亦毋庸为撤销之谕知。但也有不同见解认为，实务上为求法律关系清楚，故仍于判决主文中，将原否准处分及诉愿决定应予撤销，列为第一项。
上述台湾学者的两种观点可以在德国寻到渊源。在德国，尽管认为撤销并非必要，但对于澄清事实而言，撤销在实践中却是很常见的。此类判决的主文格式为：被告应撤销其……的决定和……的复议决定，并履行向原告颁发……许可的义务。我国行政诉讼法对此没有相应规定，笔者认为实践中可以借鉴上述做法。
