一、诉争双方的法律地位不平等。在土地征用补偿费用分配法律关系中，农村集体经济组织与其成员之间是一种管理与被管理的关系，集体经济组织在土地征用补偿费用的分配上起着决定性的作用，对于集体经济组织作出的分配方案或决定，集体经济组织的成员只能服从，没有讨价还价的余地。虽然集体经济组织作出分配方案前，一般会经过村民民主讨论的程序，但这只是决策的一种方式，并不能因此而改变双方在土地征用补偿费用分配关系上的管理与被管理的性质。而且，在很多地方，特别是在家族势力比较严重的地方，这种民主议定的程序往往流于形式。
二、集体经济组织对土地征用补偿费用作出的分配方案或决定应视为是其依据法律、法规的授权而作出的具体行政行为。首先，村民委员会组织法明确了村委会等农村基层组织具有协助基层政府从事行政管理工作的公务职能。其次，２０００年４月２９日全国人大常委会关于刑法第九十三条第二款的解释明确了土地征用补偿费用管理的公务性。该解释明确规定，村民委员会等村基层组织人员协助人民政府从事土地征用补偿费用的管理等七项工作，属于刑法第九十三条规定的“其他依照法律从事公务的人员”。根据这一规定，村基层组织对土地征用补偿费用的管理在性质上属于执行公务，不同于村基层组织对村集体其他收益的管理分配等属于民间性质的事务或者说是单位内部的事务。再次，土地管理法实施条例第二十六条授予了农村集体经济组织对土地征用补偿费用的管理职权。该条规定：“土地补偿费归农村集体经济组织所有；……征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用……”该条应当认为是法规给农村集体经济组织对土地征用补偿费用进行行政管理的授权。
三、运用民事诉讼的途径处理农村集体土地征用补偿费用分配纠纷存在着法律和实践上的障碍。从司法实践的情况来看，这类纠纷主要是农村集体经济组织的成员要求法院确认农村集体经济组织制订的分配方案或作出的分配决定无效，或要求撤销分配方案、分配决定，同时要求农村集体经济组织按照法律、政策的规定给其分配土地征用补偿款。将农村集体经济组织制订的分配方案或作出的分配决定视为一种民事行为，并运用民事判决的方式确认其无效或予以撤销，这一点应无问题，但对于分配方案无效或分配决定被撤销后的法律后果如何处理则存在着法律上的障碍。从各地法院的实际做法来看，不外乎两种处理方式：一是确认分配方案无效或撤销分配决定，并责令被诉农村集体经济组织重新制订分配方案；二是在确认分配方案无效或撤销分配决定的同时，按照有关法律和政策的规定径行判决被诉农村集体经济组织给原告支付一定金额的征地补偿款。对于第一种处理方式来说，它超出了民事审判的权限，实际上是行使了行政审判的权力。而且，如果农村集体经济组织拒绝重新制订分配方案的话，按照“一事不再诉”的原则，其成员就无法再行使法律救济权，其合法权利就无法得到实现。对于第二种处理方案，从法律上讲应无问题，但实践中行不通。因为征地款的分配不纯粹是金钱的分配，它还涉及到征地对象的安置问题，这不是人民法院的民事审判能够解决的。而且，大多数情况下，诉讼时，农村集体经济组织已将征地补偿款进行了分配，法院判决分配方案无效或撤销分配方案的后果，必然要导致分得征地款的其他成员返还多余款项，这就给法院在确定诉讼主体和执行中带来了难题。
