但是，我国行政诉讼制度依然存在诸多问题，使得人们普遍感觉到行政诉讼难——难在行政诉讼受案范围过于狭窄，渠道不够畅通；有些行政主体对行政诉讼缺乏正确认识；个人和组织的权利意识不够强；更难在《行政诉讼法》的有关制度设计本身存在诸多不完善的地方。《行政诉讼法》的修改和完善成为理论界和实务界所面临的共同课题。
修改《行政诉讼法》，最为重要的争点是如何扩大受案范围，保障个人和组织的诉权，并为其实体权利的实现提供便利和保障，确保行政主体能够很好地执行法院判决等。
受案范围过于狭窄，是困扰行政诉讼制度发展的一个重大问题。当初制定《行政诉讼法》，考虑到客观和主观方面的各种制约因素，例如，行政法制尚不完备，人民法院行政审判庭还不够健全，“民告官”的观念更新需要一定时间等等，人们普遍认为受案范围不宜过宽。实践中，许多人认为只有立法上肯定列举的事项，才属于行政诉讼的受案范围。个人或者组织的权利受到行政诉讼保护的范围，原则上仅限于人身权和财产权，这使得行政诉讼受案范围受到很大限制。
扩大行政诉讼受案范围，应当采取概括肯定加列举否定的立法模式，除列举否定事项外，对个人或者组织的权利义务产生实际影响的所有行政行为和部分事实行为，均应纳入行政诉讼的受案范围。同时，应将保护的范围扩充至各类合法权益，而不应仅限于对人身权和财产权的保护。此外，对内部行为的司法救济问题，有待于进一步深入研究，在强调穷尽行政救济原则的基础上，确立相应的司法救济途径。
由于行政机关和法院的地位存在较大的差异性，目前的审级设置往往无法应对地方保护主义的弊端，使得许多法院在审理行政案件过程中难以避免来自行政机关的干预，而被告履行法院判决和决定的刚性约束制度阙如，影响了法院权威，判决后也存在行政机关不予执行的情形。有人提出应当普遍提升级别管辖的建议。诚然，管辖制度的确有待完善，但是，普遍提升审级管辖的做法尚需深入研究。针对行政机关不履行法院判决的情形，有人提出了建立行政首长出庭应诉制度的主张，并且许多地方业已实行了此种制度。这的确有助于达到依法行政和行政审判的良性互动。不过，我认为行政机关首长出庭应诉不宜在《行政诉讼法》中规定，而应当在行政组织法或者专门的责任法规范中予以细致的规定。
修改《行政诉讼法》的争点还有很多。例如，关于当事人适格，尤其是扩大原告适格问题，应当明确规定将“相关人”等纳入原告的范畴；行政附带民事诉讼制度的创立；改革非诉行政案件制度；对行政诉讼中的和解等机制进行合理的制度安排；以及起诉要件的缓和，举证责任的合理分配，临时的权利救济机制的创设，法（律）适用规范的完善，诉讼类型、审判模式、审理程序、判决种类、判决形式等，都是健全和完善行政诉讼制度的重要课题。
但是，我们不能奢望通过一次法律修改全部解决这一系列问题，即不宜采取对现行制度全面否定的态度，而应当在充分认识和把握现有制度及其问题所在的基础上，采取突出重点、点面结合、次第展开、逐步完善的方略，重视制度的连续性，有限度地加以修改。
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