中华民国九十四年一月十九日行政院卫生署卫署人字第0940044363号令订定发布全文10条；并自九十一年三月一日施行

第1条 本规程依台湾省政府功能业务与组织调整暂行条例第五条第二项规定订定之。

第2条 行政院卫生署南投医院(以下简称本院)，隶属于行政院卫生署。

第3条 本院设各科、室，掌理民众卫生医疗保健、医务人员实习训练与教学研究相关事项。

第4条 本院置院长一人，承行政院卫生署署长之命，综理院务，并指挥监督所属员工；置副院长一人，襄理院务。

前项院长及副院长职务，由相当级别之医事人员兼任。

第5条 本院置科主任、医师、中医师、牙医师、护理长、药师、医事放射师、医事检验师、护理师、营养师、物理治疗师、职能治疗师、护士。

本院置秘书、室主任、社会服务员、科员、技术员、办事员、书记。

第一项科主任、护理长，由相当级别之医事人员兼任。

第6条 本院设人事室，置主任、科员、助理员，依法办理人事管理事项。

第7条 本院设会计室，置会计主任、科员、佐理员，依法办理岁计、会计及统计事项。

第8条 本院设政风室，置主任、科员，依法办理政风事项。

第9条 本规程所列各职称之官等职等或级别及员额，另以暂行编制表定之。

第10条 本规程自中华民国九十一年三月一日施行。