一、本作业规定依「行政院所属各机关施政绩效评估要点第十七点」及「行政院暨地方各级行政机关九十四年实施绩效奖金及绩效管理计画第十点第二款」规定订定之。
二、受评对象：
本署署本部(包括署长室、副署长室、主任秘书室、参事室)、企划处、巡防处、情报处、后勤处、通电信息处、秘书室、人事处、会计处、政风处、勤务指挥中心、空中侦巡队、及海洋、海岸巡防总局等十四个单位。
三、单位绩效目标之订定：
(一)本署各单位：依据本署办事细则所定各单位职掌、历次行政院及署务会报指裁示事项、民众需求、施政计画重要业务推展及资本支出个案等，律定四至八项之绩效目标(总分为一百分)；各单位再依据自订之绩效目标，律定各单位一至五项之评估指针(含评估方式、评估标准及目标值)。
(二)海洋、海岸巡防总局：依据年度施政计画之衡量指针(含业务、人力及经费面向)考评机关绩效。各内部单位与所属机关(单位)则由各总局另订规定评核。
四、绩效考评之项目(如附件一，考评标准表)：
(一)目标挑战性：
1.评估指针量化合理或衡量较上年度提高者(须有明确数据或具体左证)。
2.订有合适质化预定目标或其质较上年度有所改进者(须有明确佐证)。
3.执行措施具有创新性(如制度、方法、技术.等，并有明确左证)。
4.执行措施牵涉较多机关(单位)须加强协调者。
5.执行措施牵涉不可控制影响因素较多，须加以克服者。
(二)评估指针具体程度：各单位订定各项评估指针之符合单位任务及施政方向。
(三)评估指针达成度：应将各预定分项评估指针与实际执行情形比较，逐项依据评估标准，取得相关数据，而以百分比显示与预定目标值之差距，如不能量化者，应详列具体工作办理情形，如时间、地点、完成程度、重要发现等，并与预定目标值比较，皆须有明确左证资料并主动提供，以便查验。
(四)绩效目标及评估指针之修订：各单位在执行过程中，遇有特殊原因者，得依照实际状况调整。
(五)提送报告时效：自评之年度绩效考评报告依规定时间送达。
(六)提送报告品质：自评之年度绩效考评报告依格式依规定填写及内容详尽情形。
五、单位绩效目标之新增、调整及撤销：
各单位在执行过程中，遇有下列情形之一者，得申请新增、调整及撤销绩效目标：
(一)机关(单位)任务变更或奉长官指示，需增列、调整或撤销绩效目标者。
(二)机关(单位)任务变更或编并裁撤，影响绩效目标执行或无法办理者。
(三)制度或法规变更，影响绩效目标执行者。
(四)年度计画预算(资源)增减，影响绩效目标执行者。
(五)遭遇不可抗力之特殊因素，严重影响绩效目标执行者。
(六)并案或分案列管者。
(七)政策或情势变更，应予停止办理者。
(八)原奉核定之资源条件消失无法办理者。
各单位之绩效目标新增、调整或撤销申请案件，应于「年度绩效考评报告」提送截止时间前二个月内提出，并报经本署主任秘书以上长官核定后，送本署企划处备查；逾期不得申请之。
六、单位绩效自评之程序：
(一)评定成绩及撰写报告：各受评单位年度结束前，应就原定评估方式与标准检讨执行绩效办理自评，依附件一所定评分标准，逐项评定分数，并加权计算成绩，撰拟「年度绩效考评报告」(格式如附件二)，于十二月五日前将自评报告(含左证资料)送本署企划处。
(二)召开初评会议：依各单位自评资料，采书面审查，视需要得实施实地查证，并由本署召开绩效初评会议(由本署主任秘书召集本署各一级单位副主管、海洋及海岸巡防总局主任秘书与会)办理初评，并于十二月十日前将初评资料送绩效评估委员会办理复评。
七、署本部之绩效目标撰拟及年终办理自评由本署秘书室主政。
八、共同项目之「落实推动本署组织学习与核心价值，提升行政效能，营造互动组织文化」，由本署人事处办理初评(各单位自评报告之审查作业)。
九、本署所属各机关应依单位状况另订考评规定，并报本署备查。
