建议公司先给该员工发一张函，写明目前欠公司的款项数额，并要求在一定期限内归还。
在最后注明如果员工逾期不归还，公司有权从工资中扣，可以通过快递寄送给员工，如员工还在公司就要他签收此函。
保留好快递回执和函的复印件，或者签收的复印件。
也可以再在全公司的公告栏发个欠款的公告，公示下，也可以起到警示其他员工和展示公司相关情况的作用。
这样从程序上比较完备。

需要与员工沟通扣工资的目的，通常可以这样处理。

明确告知员工后，即可行使抵抗的权利。

具体分析