根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条（一）项之规定，　建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效： （一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；
依据上述解释第三条第一款（二）项，建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理： 修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。 
所以经鉴定工程确实不合格的，可以拒绝支付工程款，原已支付的款项，可以要求返还。
其次，因未完工及工期延误造成的损失，亦可要求承包方赔偿（此点现行司法解释无具体规定，但依照上述司法解释有关承包人在工程竣工经验收合格后可参照原合同主张工程款的规定，可推出司法上是按照无效法律行为的转化理论来有条件承认原合同部分条款效力的）。
目前国内部分法院发布指导性解释，对工期延误亦有规定。如广东省高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的意见》（粤高法发[2006]37号）第（三）条规定，“建设工程施工合同无效，但按照《解释》第二条的规定可参照合同约定计算工程价款的，如承包人存在延期完工或者发包人存在延期支付工程款的情形，当事人应参照合同约定赔偿对方因此造成的损失”。