关于劳动纠纷的问题，急急急 关于劳动纠纷的问题，急急急

我公司于4月20日经熟人介绍招募学徒工一名，谈定学徒期三年，另收取培训费二千元，约定干满三年退还，否则不退。并签署协议。

    期间给与生活费标准为前半年14元/月，后半年19元/月，第二年25元/月，第三年30元/月，按实际上班天数计薪水，加班按5元/小时计。因未满半年没有办理劳保等。    期间提供师傅帮带，二个月后师傅离岗，转为管理干部指导，工作效率与正式员工相差一半以上
   上班时间为8：00-17：00，中午一小时休息，提供午餐，大部分也提供了晚餐，提供住宿。
现该员工提出：1、认为其不是学徒工，要求补工资差额，并补偿劳保等费用
2、补加班工资，3、退还培训金
其实际工作天数在26-29天，加班每月在8小时左右，本地最低工资标准为700元

公司该怎么处理