合作协议纠纷 事件经过：甲和乙签订为期1年半的合作协议，协议内容规定，乙方在一年后才支付甲方相关工资，在时间到一半的时候，甲方单方面提前3个月向乙提出解除合作协议，乙方答应。
现出现的问题：1、乙方不支付甲方工资；
2、乙方要求甲方支付违约金；
3、涉及竞业限制，相关补偿费用；
4、现在，甲方的合作协议已经丢失；
5、乙方经常在甲方工作场所找麻烦，威胁
请问，遇到这样的情况，甲方应该采取怎样的法律手段保护自己？谢谢。