该人的行为当然不合法，涉嫌刑事犯罪。
2001年公司变更法定代表人是否进行工商变更登记？2003年该人利用法定代表人身份及公司名义起诉，提交的公司营业执照等文件的单位公章是否为真实的？
如果诉讼中使用的公司公章是假的，单位可以继续起诉欠款的业务往来公司，要求还款。被告公司可以起诉该人要求偿还已支付的款项80万元。。
如果诉讼中该人使用的单位公章为真实的，那么你单位无权要求业务往来公司返还款项，只能向该人追偿返还已经执行的80万元款项。可以申请法院财产保全，以便判决生效后具有执行力。
有进一步问题，可电话联系。