不能扣除工资，即使是自动离职，单位只能证明你的自动离职行为造成的损失并按实际损失扣除工资，不能直接扣除一半。 另外，如果有充分证据证明单位单方变更了你的职位，你因此而辞职，可以要求经济补偿金。

先协商，协商不成，去仲裁
以上答复仅限于您所陈述的上述事实,不排除事实的相关变化而引起律师答复的变化,因法律的规定和实际的操作有很大的不同,同一个案件,可能有不同的解决方案,建议与您聘请的律师或者本律师面谈或者网络交流,更全面了解案情,以便拿出更好的解决方案。详细信息可以点击本律师个人信息，按照网站提供的联系方式联系本律师。
重庆学苑律师事务所：马平原律师 （重庆沙区小龙坎嘉新大厦13楼，当面咨询请提前预约）