你们之间只要签订有协议，即使不合法，根据最高法院的司法解释的规定，也是要付给你的工程款的，但是你要注意保存好施工过程中的相关资料。

你在挂靠之前应了解该公司经济情况，特别是已进入司法程序债务履行情况，以防止工程款被法院执行划走。至于其他问题我认为只要协议明确规定不会出现大的问题，如果果真发生无故扣留工程款可以依据协议起诉。

你作过建筑吗？看样子你没做过吧。
现在主要挂靠是劳务公司，我正做一家建筑劳务公司的法律顾问，有什么事你可给我打电话

建议委托律师起草协议,如需要请与我联系.

委托律师起草协议

 你说的挂靠属于无效协议，但是即使这样，由于已经实际进行工程施工，被挂靠公司还是应该支付你工程款。

建议带材料当面咨询律师。

你好!
最好请律师介入,以保护你的合法权益!
北京律师祝永根
电话:13141427548
QQ:422829278

违法的协议不可能合法，但如果你确实做了这个活，并且干得活质量也没问题，钱还是能拿到的。