你好，单位报案后，警方会对你进行询问、核实。
按照你的陈述【客户的钱本来就由你占有】以盗窃刑事立案可能性不大，但是代公司收取、保管的款项应该立即做出退还处理。
如何辩解应就近咨询专业律师。
拖欠工资是另一件事。

拖欠工资建议通过法律途径解决。

建议你向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁维权。