1、物流公司承包煤炭企业肯定是不合法的，违反了公司管理条例中关于“企业经营应当在营业执照中的经营范围内进行经营”的规定。如果发生纠纷，很有可能因为违反法律规定而使自己处于被动。其实在处理这个问题时，可以采取变通方式，比如以入股方式对该煤炭企业进行管理。
2、银行对该企业贷款是双方间的贷款合同是否合法问题。如果说违法不违法，肯定是违反银行企业对于贷款使用资金审核规定以及贷款专款专用规定。
但违法不代表就一定使合同无效，如果能贷款，双方仍要按合同履行义务。