可以一起办理。是否有经济补偿金？

应同时处理          

用人单位与劳动者终止或依法解除劳动合同的，用人单位应当在与劳动者办妥手续时，一次性付清劳动者的工资。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依法应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

在办理交接手续时结清账款问题。

一般要先结清钱款，再办理离职手续。