需要申请工伤认定的。

不应该扣除。

医疗费用也是应由工伤保险基金或单位支付的，所以不应从医疗补助和就业补助中扣除。
如协商不成，可根据工伤认定和劳动能力鉴定结论申请劳动仲裁。