公司可以在规章制度里明确本问题。

这要根据具体情况而定

只有给公司造成损失的，公司在可以举证的情况下可以扣工资作为对公司的赔偿，否则不能扣的。

如果合同没有约定此种情况下扣工资，且公司无法证明自己损失的，则不能扣发工资。只能按照实际工作时间发放工资。
建议贵公司可以请个专职的法律顾问，系统性的解决此类问题。
这样一事一问不仅缺乏效率，而且往往在发生了纠纷后才想解决办法，有时候会于事无补。