你所描述的情况，你父亲销售侵权注册商标商品的行为，的确是违法的，有行政处罚的情况下，应当执行处罚。当然，如果你对行政处罚有异议的，可以申请行政复议。 我的补充： 2012-07-30 14:53

1，关于你父亲行为本身的认定。
你父亲在淘宝上销售在自己家的大米，但使用的包装上有注册商标，并没有经过商标权利人的许可，因此这是一种对商标的反冒行为，是违法的，应当受到处罚。所以工商机关对你父亲如果有处罚行为也是合理合法的。

2，对于工商部门的处罚。
工商局作为我国的行政机关，如果要对你们做出行政处罚，是需要有证据支持的。那么根据你描述的情况，在工商局到你家调查的时候，你家当时已经停止出售这种大米了，而仅凭在你朋友家查到的类似大米，并不能直接证明你父亲的大量销售行为，只能证明你们家对你朋友的赠与大米的行为。所以工商局不能仅凭你朋友处的大米就对你父亲作出处罚。
而对于淘宝以前的销售而言，工商局也必须要证明你父亲销售出去的大米就是侵权的商品，需要结合商品本身，淘宝销售记录、发货记录等各种证据结合才能证明，有充足证据的情况下有权对你父亲作出处罚，否则不能处罚。
那么根据你描述的情况，这种取证可能比较困难。

3，对于行政复议和行政诉讼的问题。
行政复议是指公民、法人或者其他组织不服行政主体作出的具体行政行为，认为行政主体的具体行政行为侵犯了其合法权益，依法向法定的行政复议机关提出复议申请。
也就是说，在你对工商局作出的处罚有异议的情况下，你是可以提出行政复议的，向作出行政处罚的工商局同级人民政府或者上一级工商管理机关申请即可。对复议决定不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。
申请复议的期限是60日，那么根据法律规定，行政复议申请人应自知道行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益之日起60日内申请行政复议。复议申请人如对行政复议机关作出的复议决定不服，可以自受到《行政复议决定书》之日起15日内向人民法院提起诉讼。

4，你父亲的行为和你公司的名义的问题。
根据你描述的情况，你父亲出售侵权大米的行为，同时使用了你公司的名义进行。如果你公司对此是知情的，也有实际参与的情况，那么你公司应当承担连带责任。
如果你公司对此并不知情，也没有实际参与，那么不需要承担任何责任，相应责任由你父亲个人承担。

5，对于本案的最后意见。
根据你描述的情况，你父亲确实有销售侵权商品的行为，属于违法，应当受到相应处罚。当然，工商局对你父亲作出处罚也必须要有充足的证据，否则不能作出处罚决定。
那么如果有处罚的情况下，你们对处罚有异议的，可以申请行政复议或者提起行政诉讼。

以上几点是根据你描述的情况，对你提出的问题所做简要解答，当然具体还需要根据案件详情和细节来确定，希望对你有所帮助。