提出辞职半年，老板以检查账目为由扣押档案，同时还存在拖欠工资。 我与天津的A单位签订3年期劳动合同，至今单位未将合同发至我手。由于身体原因我口头提出辞职两次，于2012年2月老板同意离职并新招了会计与我交接工作，由于做工程会计，老板说账目要再核查一下，核查过后就正式办理离职手续，我也没有多想，随后我回老家一直未去上班。3月给档案保管的人才市场打电话得知老板已将我的社会保险转出，（未通知我）理由是人已离职，工作未交接。（至此我工作满一年）之后我便一直打电话与老板协调。5月底通话说再过一个月就可以办理了，结果到6月就打电话不接，发信息不回，我现在想要对她提出劳动仲裁。需要怎样进行？
有几个问题要注意1：我未递交书面的辞职报告。是否可以后补？
2：交接表上有注明“材料已交接清楚，账目待核查”一句，交接日期是2月28日。注明的一句是否对我不利?
3：我除了为签订合约的A公司工作，还为老板的B，C两个公司做会计等工作。并且其中一家公司还拖欠我35天的工资共计5250元。另外一家公司则从未向我发放过任何工资。这两家公司的工作主要以银行业务为主，我填写的银行票据以及公司委托我投标的委托书是否可以作为我工作过的证据？如果可以的话我手头没有证据的文件是否可以要求公司或者银行提供？
4:如果我提起仲裁，是以扣留档案为由，还是以B,C公司拖欠工资为由比较好？是否已经过了仲裁的时限？
请各位律师朋友帮忙解决一下。我应该怎么样维护我的合法权益。因为听公司的老人说老板以前也有这样的做法，基本就是拖到最后工资一分不给还要你倒出钱。