按规定应在合同中明示工资收入，这也是劳动合同的主要要件！

公司这样做不合法，但要看你是否有选择的余地。

1、如果每月按3500元的标准发放，此合同可以签；
2、如果你和公司真的发生争议，计算工资的标准是你每月正常出勤后的应得工资，并不是以合同约定的工资计算，你要注意留存你平时发放工资的凭证即可。

公司的做法不合法。约定的工资应当在合同中标明。

以书面为准，除非公司愿意帮你修改 

你的担心是有道理。应当在合同中明确，哪怕是以补贴的形式。