一、对技术性鉴定结论的采信
    我国刑法上的商业秘密包括两类，技术信息和经营信息。本案涉及的商业秘密是喷码机软件程序———用计算机语言编写的，以计算机源代码为形式固化在芯片当中，看不见也摸不着。双方针对是否侵犯商业秘密（即两家公司的软件是否具有同一性）各自聘请了国内权威的电子数据鉴定机构，鉴定方法不统一，得出的结论相矛盾，鉴定结论中使用的鉴定术语也不同，如何采信这些技术性鉴定，把科学语言转化成法律语言、证据语言，是认定本案的关键。鉴定结论主要涉及两个方面，一是对软件秘密性（非公知性）的鉴定，一是对软件同一性的鉴定。 
    对于秘密性的鉴定，在司法实践中，往往需要相关领域的专家用反向排除的方法加以认定，即具有下列情形之一的，可以排除信息具有秘密性：（1）该信息为其所属技术领域的人的一般常识；（2）该信息仅涉及产品的尺寸、结构、材料、部件的简单组合等内容，进入市场后相关公众通过观察产品可以直接获得；（3）该信息已在公开出版物或其他媒体上公开披露；（4）该信息已通过公开的报告会、展览等方式公开；（5）该信息从其他公开渠道可以获得；（6）该信息无需付出一定的代价而容易获得。本案中加密后固化在芯片上的、用计算机语言编写的程序当然不属于常识，不能通过观察所得，不能通过反向工程获得，更不可能在公开渠道轻易获得，因此属于非公知信息，具有秘密性。对于同一性鉴定，是认定侵权的关键。应该说不同技术人员单独设计和编写的程序不会完全相同，就像两个作家独立创作题目相同的两篇小说情节不会一样。对比被侵权的和侵权的两个软件之间的一致性，需要计算机搭载特殊的软件程序进行运算完成。本案中，第一起事实，经过鉴定机构比对软件的最小单位———源代码，鉴定结论均支持两者之间90%以上的代码相似，这种高相似度的概率是零，足以认定同一性。 
    而本案第二起事实中，对于G100A型喷码机软件，存在相互矛盾的两份鉴定结论，这种矛盾是间接体现的，即公安机关鉴定G100软件与科诺华公司的软件同一（即第一起事实的鉴定结论），九州世初鉴定G100软件与G100A软件不构成实质性相似，但公安机关鉴定G100A软件与科诺华公司的软件具有功能性相似。G100A软件是公安机关介入后，国诺公司在停止生产G100喷码机以后，让王彦明重新编写的，在前期已涉嫌侵权，并且已进入司法程序的情况下，再次抄袭属于“顶风作案”，本身不符合常理。实际上公安机关在对比中也发现，重新编写的G100A软件在源代码上已经面目全非，不可能与科诺华公司的软件在源代码上具有很高的相似度，因此他们采用了与之前鉴定G100软件时不同的方法，即把G100A软件划分成若干功能模块，对比每个模块的功能和调用情况，得出功能相似度为91.3%。九州世初的鉴定结论则认为，G100A与G100软件代码相似不足5%，程序中断和子程序名称和数量有较大差异，主程序及调用的子程序流程具有较大差异，故不构成实质性相似。 
    国诺公司对公安机关对于G100A软件的鉴定一直存有异议，要求重新鉴定，认为“功能相似度”不能认定抄袭的存在，且不是鉴定专业用语。对此公安机关补充说明，指出“功能相似度”就是本质的相似度，而本质的相似度是指编程的思路、实现的原理、参数、方法等方面的相似度。但软件编程的思路属于开发软件所用的思想，实现的原理属于开发软件的处理过程，而这些是不受软件著作权保护的。笔者认为，在鉴定行业对计算机软件鉴定没有国家标准的情况下，比对源代码相似度是目前最为科学的方法，最直观、直接。所谓的“功能相似度”、“本质相似度”不宜作为认定同一性的依据，因为同为喷码机，软件实现的功能必然具有相似度。进一步说，在国诺公司重现开发软件，并进行鉴定，在确认不构成实质性相似的前提下，又继续后期生产的事实难以认定具有侵犯商业秘密故意。有人认为这种行为也可能是规避法律的表现，但是前提是王彦明确实对软件进行了修改，源代码已不相似，况且鉴定机关的鉴定结论对于国诺公司来说也不是可以预知的，因此认定国诺公司此举是规避法律没有依据。 
    二、对重大损失的认定 
    给权利人造成重大损失是构成本罪的必备要件，但如何计算重大损失，法律和司法解释并没有明确规定。在理论界主要有四种意见：第一种意见是成本说，即根据权利人研究该商业秘密所投入的费用、保密费用等成本来计算损失。第二种意见是价值说，即根据商业秘密的经济价值计算权利人的损失。第三种意见是损失说，即根据商业秘密被侵犯后权利人失去的利润来计算损失。第四种意见是获利说，即根据行为人侵犯商业秘密后实际获得的违法所得数额来计算权利人的损失。 
    在司法实践中，商业秘密权利人的损失往往很难用具体的、量化的形式表现出来，其为证明损失存在而提交的相关证据，也常常因为缺乏客观性而受到广泛质疑，这也是长期以来认定侵犯商业秘密罪的一个难点。在不断加强知识产权保护的今天，司法机关应当首先从有利于保护商业秘密权利人的利益出发，同时兼顾保护被告人合法权益的原则，依据某项客观存在的事实确定损失数额。 
    本案中，科诺华公司曾主张其公司2006年3－5月份销售额为960余万元,2006年6－8月份为480余万元，后三个月与前三个月相比较，销售收入减少480万元，也就是说在国诺公司销售涉嫌侵权产品后直接影响了其收入，应当依此确定其损失金额。但科诺华公司6－8月间的损失，依据3－5月间的销售额来计算没有法律依据，销售情况的变化是由多种市场因素造成的，无法证明相邻两个周期的销售额变化是由国诺公司的侵权生产所直接导致，3－5月销售额可能是全年最高的，也可能是去年最低的，不具有参照意义。同时，科诺华公司提供了研发费的审计，提供了某一型号喷码机的研发费用，因国诺公司侵犯的不仅是特定型号喷码机的软件，而是科诺华公司一系列喷码机的核心技术———以KN300型为代表的喷码机从软件，因此不尽全面。审计报告的依据均是科诺华公司提供的，且审计报告写明科诺华公司财务核算时未按项目名称分设明细单独核算喷码机研发成本，即无法从原始凭证中准确甄别出那些是软件研发费用，全凭科诺华公司确认。 
    因此，选择以2006年4月-9月国诺公司销售含有被侵犯技术秘密的喷码机的销售额认定重大损失金额，非法所得的数额是相对客观、合理和准确的，最终也被审判机关认可。 
    本案应当认定为单位犯罪。王彦明、王卫刚、王永喜三人的行为，不是个人行为，均为在国诺公司之下的职务行为，侵犯商业秘密所产生的收益也归国诺公司。且国诺公司有代理外国品牌喷码机的其他业务，研发过程中也不完全为犯罪行为（仅是软件部分涉嫌犯罪），国诺公司更非以犯罪为目的成立的，因此符合我国刑法关于单位犯罪的规定。本案发生在2007年4月5日最高人民法院、最高人民检察院《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释（二）》实施之前，依照最高人民法院、最高人民检察院《关于适用刑事司法解释时间效力问题的规定》第3条之规定：“对于新的司法解释实施前发生的行为，行为时已有相关司法解释，依照行为时的司法解释办理，但适用新的司法解释对犯罪嫌疑人、被告人有利的，适用新的司法解释。”本案应适用最高人民法院、最高人民检察院《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释（一）》第15条规定，以个人犯罪金额3倍确定单位犯罪金额，追诉标准为人民币150万元。 
    三、对行为人“明知或应知”的认定 
    《刑法》第219条第2款规定：“明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密论。”本案中，被告人王彦明是直接实施非法使用行为的工程师，被告人王卫刚是负责研发业务的总经理，被告人王永喜则是公司最大的股东、幕后操盘手。到案以后，王卫刚、王永喜均否认对王彦明的使用行为事先知情，那么怎样推定他们明知或应知，要达到怎样的证明标准才能最终使他们入罪抑或他们无罪，是本案的一个难点。 
    上述间接侵犯商业秘密的规定在理论界有着广泛的争议，即“应知”是否属于过失，从而侵犯商业秘密罪的罪过形式是否包括过失。目前比较一致的看法是直接侵犯商业秘密的犯罪行为只能由故意构成，以侵犯商业秘密论的行为主观方面可以是故意或过失。但在司法实践中，侵犯商业秘密案件是一类比较疑难、复杂的案件，被告人作案手段隐秘，书证、物证难以固定，向来是侦破的少，提起公诉的少，获得有罪判决的少，尤其是共同犯罪中作用不同的被告人主观方面的认定，更是一个难点。“不知道”成为多数被告人为自己脱罪的理由。往往对于直接实施非法使用行为的技术人员容易定罪，而对于哪些公司负责人、幕后策划者却不易定罪，但获取非法利益最大的恰恰是这部分人，技术人员是不会在负责人不知情的情况下，冒着犯罪的危险，擅自使用他人商业秘密的。因此，在司法实践中，“明知或应知”主要是诉讼意义上的一种推定。 
    本案中，被告人王卫刚、王永喜拥有特殊身份，二人均是原科诺华公司的股东和主要管理人员，对于科诺华公司的科研状况、科研人员、喷码机技术、保密制度、竞业禁止等规定应当是非常清楚的。在二人退股时，与科诺华公司有过明确约定，所有技术秘密归科诺华公司所有。但是在二人成立国诺公司，急于开发生产喷码机产品时，缺乏技术人员，尤其是软件开发人员。 
    在此种情况下，王永喜明知王彦明与科诺华有技术保密要求及竞业禁止要求，诱之以利，许诺高薪、入股，正是看重了王彦明系科诺华公司的软件研发技术人员，对国诺公司即将开发的同类产品具有重大价值。王彦明到国诺公司以后，王卫刚负责主持研发，其明示或默许是王彦明冒险使用科诺华技术秘密的原因。从国诺公司研发周期看，2月份成立公司，4月份就有了销售记录，短短2个月时间从无到有，如此快的速度不符合正常的喷码机研发规律，而王永喜作为国诺公司最大的股东，王卫刚最为公司法人，立即参与到抢占市场的销售活动之中，因此，可以认定王卫刚明知王彦明使用了科诺华公司的商业秘密，可以推定王永喜应当知道王彦明适用了科诺华公司的商业秘密。从单位犯罪的角度，王卫刚、王永喜属于直接负责的主管人员，王彦明属于直接责任人员。