甲公司的股东乙将公司的营业收入1000万元直接转入个人账户，没有将公司的营业收入转入公司的账户。甲公司在财务处理上仍然将1000万元的收入正常入账，且及时进行纳税申报，交纳税款。对于甲公司乙股东的行为法律分析如下：
        1 税法上的责任 
        按照常理，股东乙如果不是出于避税的考虑(此处分析不考虑股东乙对于现金的要求及转移公司财产的目的)，没有必要将本来归属于甲公司的1000万元的营业收入不经过公司的基本账户，直接转入到个人账上，这样会带来很多不必要的麻烦。 
        (一)1000万元的货款需要交纳130万的增值税，如果企业正常登记入账，对于增值税的交纳上不存在风险。 
        (二)在交纳企业所得税方面，1000万元也是要交纳的。抛开成本要素不考虑，1000万元需要交纳1000*25%=250万的企业所得税。如果甲公司对于企业所得税也正常交纳的话，对于企业所得税不存在风险。 
        (三)股东从本应该入公司的帐的资金转到个人账上，按照我国税法的规定，该行为视为对于股东个人的分红。股东个人的分红应该缴纳20%的个人股息红利所得税，乙股东的个人股息红利所得税为200万元。因为股东乙直接将本应入公司的帐资金转到个人帐，等于股东没有缴纳个人股息红利所得税。偷逃200万元的税款属于重大违法犯罪的行为。 
        2 刑法上的责任 
        (一)职务侵占罪(刑法第271条)，是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。1000万元的营业收入本来属于公司的货币资金，在会计上归属于公司的资产。 
        如果公司股东乙利用自己职务上的便利，以非法占有为目的侵占公司的货币资金1000万，有可能构成职务侵占罪。由于1000万金额比较大，属于严重的职务侵占行为。 
        (二)挪用资金罪，根据我国《刑法》和有关司法解释规定，是指公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过3个月未还的，或者虽未超过3个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。 
        股东乙利用自己职务上的便利，若将1000万元的货款挪作他用，可能构成挪用资金罪。由于1000万金额较大，属于严重的挪用资金的行为。 
        3 民事上的责任 
        (一)1000万元的营业收入属于公司的资产，假如企业的组织形式为个人独资企业的话，直接后果可能出现企业与个人财产的混同，当对外需要承担责任时，可能会导致无限连带责任，带来重大的法律风险。假如企业的组织形式为公司的话，抽走1000万元的股东需要将1000万元返还公司，在1000万元以内承担责任。 
        (二)客户将1000万元没有经过公司基本账号直接打到股东乙的账上，说明客户并没有与公司结清债权债务关系。在民法的角度上讲，客户转给股东乙一笔钱，但是公司与客户1000万元的债权债务仍然存在，对于客户存在很大的法律风险。因此客户不经过公司基本账号打到个人账上风险大，客户采取这张方法的可能性偏小。