一、被上诉人***建公司依据《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第二十六条的规定，主张上诉人***公司承担涉案的工程款没有法律依据。
根据《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定 》第二十六条的规定，企业售出后，买受人将所购企业重新注册为新的企业法人，所购企业法人被注销的，所购企业出售前的债务，应当由新注册的企业法人承担。但买卖双方另有约定，并经债权人认可的除外。但是该规定是在第六节“国有小型企业出售”的范围之内，因此此处的“企业售出”仅指企业的整体出售，即由被出售企业的资产管理人代表国家对国有小型企业的所有资产(包括债权和债务)一并出售给其他经济组织或者个人，从而改变产权性质的行为。但是在本案当中，上诉人***公司只是收购了***机械总厂的经营性资产，非经营性资产包括本案涉案的部分资产都无偿划拨给了被上诉人***投公司，而且上诉人***公司是在成立之后才收购的***机械总厂的经营性资产，并非是收购***机械总厂的资产重新注册而来，***机械总厂在被收购后也并未注销。由此可见，本案显然不属于上述司法解释第二十六条所规定的情形。因此，被上诉人***建公司依据上述司法解释第二十六条的规定，主张上诉人***公司承担责任显然与该规定是不符的。
二、本案上诉人***公司收购***机械总厂资产的行为不适用《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》的规定。
首先，根据《最高人民法院研究室关于企业资产出售合同效力及民事责任承担问题的答复》【法研（2003）138号】的规定，企业出售资产的合同，如果买受人支付了合理的对价而且不具有合同法第五十二条规定的情形的，人民法院应当认定出售合同有效。企业出售资产行为不适用《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》，企业出售其资产后应自行承担其原对外债务。本案当中，如上所述，上诉人***公司仅仅是收购了***机械总厂的经营性资产，而且以承担***机械总厂的债务、***机械总厂改制职工的安置费、以及向被上诉人***资委支付国有产权转让收益的方式支付了对价。此外，需要特别说明的是，根据17号文，***机械总厂出售的资产经过了清产核资，并经过相应的专业机构进行了审计、评估，出售的方式是通过广西联合产权交易所公开挂牌进行的，双方的交易完全是公平、公正、公允的。因此，上诉人***公司与***总厂、被上诉人***国资委之间签订的《收购协议书》应当认定为企业资产买卖合同。根据上述的规定，本案不适用《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》。
其次，从《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》制定的背景、本意来看，该规定的目的就是为了防止债务人借改制逃避债务，损害债权人的合法权利。但是在本案当中，上诉人***公司收购***机械总厂经营性资产的行为，并没有损害到被上诉人***建公司的合法权利。其一，从***机械总厂与被上诉人***投公司签订的《资产移交协议》来看，除了涉案的建筑工程，在出售了经营性资产给上诉人***公司后，***机械总厂仍然有4461万余元的资产以及3000多平方米的商业门面、700多平方米（也价值数千万）的架空层无偿划拨给了被上诉人***投公司。其二，从查明的事实来看，涉案的工程是以***机械厂的名义建设，根据物权法的相关规定，涉案的工程显然也应当属于***机械厂的资产，而该两项工程所形成的资产即便是按照建筑成本来计算，也价值3200多万元。换言之，在出售了经营性资产给上诉人***公司之后，***机械厂或者***机械总厂仍然有拥有高达上亿元的实物资产，资产完全可以轻松覆盖、清偿被上诉人***建公司的400万元工程款。此外，根据相关的法律规定，不管是集资建房还是市场运作房，相应的建设成本都应当由职工全额承担，因此，本案涉案的工程款显然是可以通过***机械厂向职工收取并向被上诉人***建公司支付的，也即除了上述的实物资产外，***机械厂尚有对职工的400多万元的债权。由此可见，***机械总厂出售经营性资产的行为显然是不会损害到被上诉人***建公司的合法权利。因此，本案不应当适用《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》。
第三、《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》所解决的主要是改制前的债务在改制后承担问题。但是本案当中，根据建筑施工合同的约定，工程款是需要根据建设工程的进度支付，在上诉人收购***机械总厂的经营性资产时，涉案的工程仍然在施工，***机械厂也仍然按照合同的约定支付工程进度款，甚至至今职工们的集资建房款尚有几十万在被上诉人***投公司处保管，因此，涉案的债务在改制时并未实际发生或者并未确定。在此情形下，本案涉案的债务显然不应当视为改制前的债务。因此，本案涉案的债务不应当适用《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》。
三、被上诉人***建公司主张上诉人***公司承担本案的债务缺乏事实依据而且有悖于公平原则。
首先，被上诉人***建公司与***机械厂签订的《建筑施工合同》以及相关的招投标文件，明确的约定工程是职工的集资房以及市场运作房，根据相关的政策、法律规定以及招投标文件的规定，相应的建设资金都应当全部来自于职工的集资。此外，涉案的工程的施工期间正处于***机械总厂的改制期，尤其是市场运作房工程，完全是在***机械总厂的改制基准日之后才签订的施工合同。期间被上诉人***建公司与***机械厂的相关负责人有密切的接触，其不可能不知道***机械总厂进行了改制，不可能不知道***总厂的经营性资产出售给了上诉人***公司的事实。但是在提起本案之前，被上诉人***建公司从未向上诉人***公司主张过任何的权利，甚至在提起本案之后，被上诉人***建公司也多次表示涉案的工程款与上诉人***公司没有任何关系。因此，在明知道项目资金来源于职工的集资以及***机械总厂已经改制，经营性资产已经挂牌出售给上诉人***公司的情况下，被上诉人***建公司的行为显然表明其实际上是认可涉案的工程款应当由***机械厂承担的事实。
其次，如上所述，***机械总厂的经营性资产是通过广西联合产权交易所挂牌转让的，该挂牌行为显然也具有一定的公示性。而且被上诉人***建公司在明知道***机械总厂改制的情况下，没有申报债权，也没有向相关部门要求妥善处理涉案债务，在长达十年的时间内也从未向上诉人***公司主张过任何的权利。现上诉人***公司与被上诉人***资委、***机械总厂签订的《收购协议书》早已履行完毕，***机械厂也已经注销的情况下，如支持其要求上诉人***公司承担涉案的工程款的主张，势必影响到改制关系的稳定性，显然不利于国家企业制度改革政策的落实。此外，从查明的事实来看，涉案的工程与上诉人***公司受让的资产之间不存在任何的关联关系，在此情形下，判决上诉人***公司承担责任，显然也有悖于公平原则。
四、本案涉案的工程款应当有被上诉人***投公司及被上诉人***资委承担。
首先，如上所述，被上诉人***投公司无偿接收了4461万余元的资产以及价值数千万的商业门面、架空层，该行为显然损害了被上诉人***建公司的合法权利。此外，从一审查明的事实来看，在***机械厂注销之后，***机械厂为建设本案的涉案工程而向职工收取但尚未支付的集资款全部交给了被上诉人***投公司进行管理。而且在***机械总厂基于本案涉案工程的商业门面等与***房地产开发公司发生纠纷并诉至法院时，生效的判决认定被上诉人***投公司是涉案合同的权利义务的继承者。因此，根据相关的法律规定，被上诉人***投公司应当承担相应的法律责任。
其次，根据《最高人民法院关于人民法院在审理企业破产和改制案件中切实防止债务人逃废债务的紧急通知》第十的规定，人民法院审理国有企业改制案件，对企业出售中，卖方隐瞒或遗漏原企业债务的，应当由卖方对所隐瞒或遗漏的债务向原企业的债权人承担责任。此外，根据上诉人与被上诉人***资委、***机械总厂签订的《收购协议书》第五条的约定，甲方（即上诉人***公司）接受并承担丙方（即***总厂）改制评估报告中所列明的债权债务，改制评估报告中未列明的债权债务由乙方（即被上诉人***资委）承担。丙方（即***机械总厂）的或有债务由乙方（即被上诉人***资委）承担。本案当中，涉案的债务在改制时尚未发生或者尚未确定，而且没有列入改制评估报告。况且，在协议明确约定且债权人***建公司也主张被上诉人***资委承担债务的情况下，判决被上诉人***资委不承担责任，显然会造成不必要诉累，浪费司法资源。因此根据上述的规定以及《收购协议书》的约定，被上诉人***资委应当承担相应的法律责任。
第三，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条的规定，企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。本案当中，从查明的事实来看，本案涉案的工程是***机械总厂职工的集资建房以及市场运作房，根据相关的规定，建设费用应当由***机械总厂职工全额承担。因此，在***机械总厂或者***机械厂没有注销的情况下，完全可以由***机械总厂或者***机械厂向参与集资的职工收齐，再向被上诉人***建公司支付。或者通过起诉***机械厂，并将涉案工程进行拍卖的方式清偿被上诉人***建公司的工程款。此外，据了解，涉案的工程以及相关的土地使用权至今仍然在***机械厂的名下。因此，在没有被注销的情况下，***机械厂显然是有足够的资产清偿所拖欠的被上诉人***建公司的工程款。但是被上诉人***资委在尚未对***机械厂进行清算的情况下，直接发文注销了***机械厂，显然是导致被上诉人***建公司未能通过处置***机械厂名下资产的方式获得清偿的根本原因。因此，根据上述的法律规定，被上诉人***资委应当承担相应的责任。
综上所述，代理人认为本案涉案的债务依法应当由被上诉人***投公司及***资委承担。被上诉人***建公司诉请上诉人***公司承担工程款没有法律依据。因此，请求依法查明事实，正确适用法律，驳回被上诉人***建公司对上诉人***公司的诉讼请求。
以上代理意见，请合议庭予以参考、采纳。