商业秘密不同于传统意义上的财产，由于商业秘密的无形性，侵犯商业秘密行为给权利人造成的损失并不限于直接经济损失。在侵犯商业秘密犯罪中，权利人的商业秘密被窃取、披露、非法使用后，权利人仍然可以使用其商业秘密，甚至其商业秘密的载体都没有任何损失。但此时，由于他人掌握并使用该商业秘密，极大地危害到权利人的经济收益和竞争优势，这种损失对于权利人来说与直接经济损失并无区别，甚至更为严重。这种损失就是间接经 济损失。从司法实践来看，侵犯商业秘密犯罪行为所造成的损失多为间接经济损失。
但如何给间接经济损失下定义？理论和实践中又有不同的意见。有的人认为，间接经济损失是指被害人失去的应得利益，也即权利人应得而未得到的合理预期收入，如由于侵权而使预期的优势下降所产生的收益损失、减少等。还有的人认为，间接经济损失的范畴包括权利人的竞争优势以及这种优势所带来的经济利益。《关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》规定，间接经济损失是指由直接经济损失引起和牵连的其他损失，包括失去的在正常情况下可以获得的利益和为恢复正常的管理活动或者挽回所造成的损失所支付的各种开支、费用等。笔者认为，上述观点和司法解释均不能完全适用于侵犯商业秘密罪中间接经济损失的计 算，如果将上述观点和司法解释进行适当的整合来认定侵犯商业秘密罪的间接经济损失比较合适。
第一种观点的合理之处在于它强调间接经济损失是“应得而未得到的合理预期收入”，这一观点的不足在于其覆盖范围过窄，未将一些正常情况下不必要的支出计算在内。第二种观点的合理之处在于它看到了商业秘密给权利人带来的竞争优势，而侵犯商业秘密犯罪行为正是通过削弱、摊薄这种优势给权利人造成损失的。这一观点的不足在于损失计算的可操作性不强，竞争优势及其带来的经济利益难以转换为可以计算的损失额。《关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》的合理之处是把间接经济损失的范围扩大到了“为恢复正常的管理活动或者挽回所造成的损失所支付的各种开支、费用等”，但该规定认为“间接经济损失是由直接经济损失引起和牵连的”在侵犯商业秘密罪的认定中是不合适的。 因为在司法实践中，很多侵犯商业秘密的犯罪没有直接经济损失，只有间接经济损失或者不可计算的损失。因此，谈不上间接经济损失由直接经济损失 引起或者牵连的问题。
综合上述观点，笔者认为，侵犯商业秘密罪中的间接经济损失是指由侵犯商业秘密犯罪行为引起的、权利人因其竞争优势被削弱或者被摊薄甚至丧失而造成的应得而未得到的合理预期收入，以及为挽回所造成的损失所支付的合理开支、费用。在间接经济损失的计算过程中，“为挽回所造成的损失所支付的合理开支、费用”易于认定和计算，但被削弱、 摊薄、丧失的竞争优势要量化为具体的损失数额，则是侵犯商业秘密罪认定中需要解决的一个难题。笔者认为，最高人民法院的两个民事领域的司法解释规定的，两种不同类型的侵权行为造成损失的三种计算方法———商业价值认定法、乘积计算法和许可使用费参照法———可以批判地运用于刑事领域的认定之中。
根据最高人民法院《关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》，因侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉的，应当根据该项商业秘密的商业价值确定损害赔偿额。商业秘密的商业价值，根据其研究开发成本、实施该项商业秘密的收益、可得利益、可保持竞争优势的时间等因素确定， 此即商业价值认定法。擅自使用非法获取的商业秘密造成的损失，可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行。根据最高人民法院《关于审理专 利纠纷案件适用法律问题的若干规定》，权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数 难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积，可以视为权利人因被侵权所受到的损失，此即乘积计算法。
上述两个民事领域的司法解释在认定侵犯商业秘密犯罪损失方面具有一定的指导意义，并且简便易操作，但这些民事方面的规定应用于刑事领域却存在理论上的障碍。如在开放竞争的市场经济环境下，被侵权人利润的下降与犯罪人经营获利之间是否存在完全的对应关系？在被侵权人与犯罪人双方的商业利润中，有多大比重与涉案的商业秘密相关？ 被侵权人与犯罪人经营额的升降，有多少是侵权行为造成的，又有多少是其经营行为本身造成的？在刑事领域，这些情况必须查清，否则就是“疑罪”。多数学者认为，在认定侵犯商业秘密罪间接经济损失时要综合考虑该商业秘密占领市场的大小、权利人的数量、侵权人和被侵权人双方的生产能力、商业秘密的生命周期、研发成本以及侵权的手段、扩散的范围、造成的影响和持续的时间等要素。但在这些要素中，除了研发成本一般由权利人提供投入支出等会计账簿、实验记录等资料可查而显得相对客观外，其余要素主观性都很强。而刑法的疑罪从无原则要求在计算侵犯商业秘密犯罪行为造成的经济损失时，必须将上述要素与损失数额之间的因果关系和对应关系一一查清，不能查清的应当视为证据不足，不认定为经济损失数额。因此，不能将民事上可以认定的损害赔偿数额等同于刑事上的重大损失数额。