将证据划分为直接证据与间接证据，有助于司法工作人员正确认识证据在证明案件主要事实中的不同作用，防止把一些只能证明案件事实的一个片段或者一个情节的证据误认为是可以证明案件主要事实的证据。

间接证据与案件主要事实的联系是间接的，一个间接证据只能证明案件主要事实的某个片断。因此，任何一个间接证据都需要与其他证据相结合，才能证明案件主要事实；由于间接证据关联方式的间接性，运用间接证据证明案件主要事实，必须经过推理过程。间接证据虽然不能单独地直接证明案件主要事实，但在诉讼证明中往往是发现犯罪嫌疑人的先导，是获得直接证据的手段。而且，间接证据能够鉴别直接证据的真伪，甚至在某些没有直接证据的案件中，可以只根据充分、确实的间接证据认定犯罪嫌疑人、被告人有罪。

根据诉讼证明理论和司法实践经验，在完全运用间接证据认定有罪的情况下，必须遵守以下规则：(1)必须严格遵守运用证据的一般规则。即应审查间接证据的客观性、关联性和合法性，确保该间接证据是客观存在的、与案件事实存在客观联系且为法律容许的证据。(2)间接证据必须形成一个完整的证明体系，即有关犯罪时间、地点、过程、手段、工具、后果、目的、动机、犯罪嫌疑人、被告人的个人情况等，都有相应的证据证明。(3)间接证据与案件事实之间，间接证据与间接证据之间必须协调一致，没有矛盾，如有矛盾必须合理地予以排除。(4)间接证据的证明体系必须足以排除其他可能性，得出的被告人实施犯罪的结论必须是唯一的，确定无疑的。

最高人民法院《解释》第105条对在没有直接证据证明犯罪行为系被告人实施的情况下，如何运用间接证据认定被告人有罪作了规定。该规定要求应当同时符合以下几个条件：(1)证据已经查证属实；(2)证据之间相互印证，不存在无法排除的矛盾和无法解释的疑问；(3)全案证据已经形成完整的证明体系；(4)根据证据认定案件事实足以排除合理怀疑，结论具有唯一性；(5)运用证据进行的推理符合逻辑和经验。此外，根据间接证据定案的，判处死刑应当特别慎重。