在实践中，用人单位与劳动者往往在一份协议中同时约定保守商业秘密和竞业限制义务，比如订立《保密及竞业限制协议》，常常导致人们一种模糊认识，认为保密协议和竞业限制协议没有什么区别，二者是一回事。实际上保密协议和竞业限制协议是两个不同的法律概念。保密协议是指用人单位针对知悉企业商业秘密的劳动者签订的要求劳动者保守用人单位商业秘密的协议。保密协议应当以书面形式签订，一般应具备以下主要条款： (1) 保密的内容和范围;(2) 保密协议双方的权利和义务;(3)保密协议的期限;(4)违约责任。在保密协议有效期限内，劳动者应严格遵守本企业保密制度，防止泄露企业技术秘密，不得向他人泄露企业技术秘密，非经用人单位书面同意，不得使用该商业秘密进行生产与经营活动，不得利用商业秘密进行新的研究和开发。竞业限制协议是指用人单位与劳动者约定在解除或者终止劳动合同后一定期限内，劳动者不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位任职，或者自己开业生产或者经营同类产品的书面协议。竞业限制是保密的手段，通过订立竞业限制协议，可以减少和限制商业秘密被泄露的概率。保密是竞业限制的目的，订立竞业限制协议最终的目的是保护用人单位的合法权益。
保密协议和竞业限制协议有如下区别：
(1)保密义务一般是法律的直接规定或劳动合同的随附义务，不管用人单位与劳动者是否签订保密协议，劳动者均有义务保守商业秘密。而竞业限制是基于用人单位与劳动者的约定产生，没有约定的，无须承担竞业限制义务。
(2)保密义务要求保密者不得泄露商业秘密，侧重的不能 “说”，竞业限制义务要求劳动者不能到竞争单位任职或自营竞争业务，侧重的是不能“做”。
(3)保密义务劳动者承担的义务仅限于保密，并不限制劳动者的就业权，而竞业限制义务不仅仅限制劳动者泄密，还限制劳动者的就业，劳动者的负担重很多。
(4)保密义务一般期限较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在，而竞业限制期限较短，最长不超过二年。
「典型案例」李某于2004年8月入职某公司任市场部经理，公司与李某签订了一份《保密和竞业限制协议》，协议约定李某应当保守公司商业秘密，且劳动合同解除后的2年内不得到有竞争关系的单位任职，否则承担违约金20000元。公司员工手册对工资构成做了如下规定：工资包括基本工资、保密工资、加班工资、绩效工资、各项津贴和补贴。根据李某的工资表，李某的月工资为：基本工资1500元、保密工资500元、加班工资800元和绩效工资2000元。2005年7 月份，李某与公司解除劳动合同，同月李某入职一家与某公司经营同类业务的公司，某公司申请劳动仲裁，认为公司每月支付了保密费500元，李某应当承担竞业限制义务，要求李某支付违约金20000元，并在二年内不得到有竞争关系的单位任职。