本罪与非罪的界限
1、本罪的构成以情节严重为其构成必要条件，只有严重干扰法庭秩序的行为才具有相当的社会危害性，才构成扰乱法庭秩序罪，因此，对那些扰乱法庭秩序情节不严重的，经劝阻、制止，停止实施扰乱行为的，不应认定为扰乱法庭秩序罪。
2、本罪的构成要求行为人主观罪过形式方面为直接故意，也即行为人决意实施扰乱法庭秩序的行为，希望自己的行为干扰法庭秩序。因此必须把那些由于情绪激动、亢奋，或者性格爽直或坚持自己的看法等原因而一时在法庭开庭审理案件中说话声音过大，行为有所不当，或言语有所过激的情形与扰乱法庭秩序罪区分开来。前者行为人在主观上不具有扰乱法庭秩序的直接故意，所以不宜也不应作为扰乱法庭秩序罪来论处。
本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限
从本质上讲，干扰法庭秩序也是扰乱社会秩序的一种表现情况
以前在司法实践中，对于严重干扰法庭秩序的行为，也是按扰乱社会秩序来处理的。但在本法中规定了扰乱法庭秩序罪这一新罪名的情况下，将扰乱法庭秩序从扰乱社会秩序中分离出来，加以专门的规定，因此，在这种情况下，对于扰乱法庭秩序情节严重的，按照特别条文优先于一般条文，则应按扰乱法庭秩序罪处
1、从客体方面看，扰乱法庭秩序罪的客体为法庭秩序，扰乱社会秩序罪的客体则是社会公共秩序。
2、处罚范围不同，对于聚众扰乱法庭秩序因而构成犯罪的，对全部行为人都予以惩罚，而聚众扰乱社会秩序的，则只处罚首要分子。
本罪与妨害公务罪的界限
扰乱法庭秩序也必然妨害有关国家工作人员如审判人员依法执行公务，但与妨害公务罪有着显著的区别:
1、侵犯的客体不同。扰乱法庭秩序罪的客体仅为法庭秩序，范围比较窄，而妨害公务罪的客体是国家工作人员的公务活动，除包括人民法院审理案件的法庭秩序外，还包括其他国家工作人员的公务活动，客体较为广泛。
2、客观方面不同。扰乱法庭秩序罪的客观方而表现为行为人在法庭审理案件中，实施的哄闹、冲击法庭或殴打司法工作人员，严重扰乱法庭秩序的行为，既包括采用暴力或威胁方式，也包括非暴力的方式，而妨害公务罪的客观方面的表现仅限于以暴力、威胁的方法阻碍国家工作人员依法正在执行职务的行为，显然，在客观方面要比扰乱法庭秩序罪窄得多。
3、犯罪发生的时间、空间不同。扰乱法庭秩序罪是发生在人民法院开庭审理案件过程中，从时间上看，限于人民法庭宣布开庭至宣布闭庭过程中，从空间上看，限于发生在法庭内(广义理解上的法庭)。而妨害公务罪是发生在国家工作人员依法执行职务期间，从时间上看，限于国家工作人员已经着手执行职务，尚未结束之前，从空间上看，限于发生在执行职务的场所，既包括在国家机关内，也包括特定的其他场所。很明显，妨害公务罪的发生的时空范围比扰乱法庭秩序罪的要大得多。