非法制造、买卖、运输、储存危险物质案立案标准根据《刑法》第一百二十五条第二规定：非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全的，依法照前款规定处罚。处三年以上十年以下有期徒刑；情节严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。

根据《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定一》第二条确定了非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪的立案标准
第二条规定：非法制造、买卖、运输、储存危险物质案，危害公共安全、涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
一、造成人员重伤或者死亡的；
二、造成直接经济损失十万元以上的；
三、非法制造、买卖、运输、储存毒鼠强、氟乙酰胺、氟乙酰钠、毒鼠硅、甘氟原粉、原液、制剂五十克以上，或者饵料二千克以上的；
四、造成急性中毒、放射性疾病或者造成传染病流行、暴发的；
五、造成严重环境污染的；
六、造成毒害性、放射性、传染病病原体等危险物质丢失、被盗、被抢或被他人利用进行违法犯罪活动的；
七、其他危害公共安全的情形。