1、企业提出申请
　　本着自愿的原则，企业首先向上海市农产品质量认证中心提交正式申请报告，由企业法人签字，公司盖章确认。
　　
　　2、产地了解情况
　　根据企业的申请，认证部指派专人到实地了解情况，目的是：
　　（1）、了解申请情况是否基本属实；
　　（2）、了解申报基本条件是否具备。
　　
　　3、认证材料审核
　　上海市农产品质量认证中心认证部将对下列材料进行审核：
　　（1）、企业基本情况介绍（包括企业名称、企业概况、地理位置、周边环境以及近两年生产经营状况和农产品获奖情况等）。
　　（2）、企业的营业执照、农产品商标注册证明、企业法人代码证、企业税务登记证的复印件；
　　（3）、产品的执行标准；
　　（4）、企业质量管理手册；
　　（5）、安全卫生优质农产品生产情况介绍。包括：①生产技术操作规程（需特别说明农药、化肥、兽药、饲料及其添加剂等使用品种时间和数量）；②农作物、畜禽、水产品在生产过程中所使用的农药、肥料、兽药、饲料及其添加剂等的来源和购销发票（复印件）；③农产品生产过程中灌溉水、加工用水、畜禽饮用水来源与水质情况。
　　（6）、产地及其周边环境的平面图；
　　（7）、企业所在乡镇的环保规划；
　　（8）、企业单位人员结构情况（主要企业管理人员、技术人员、操作人员的年龄、学历与培训情况等）；
　　（9）、企业产品获奖证书（复印件）；
　　（10）、其他有关材料（比如其他认证证书、获奖证书等）。
　　
　　4、接受申报
　　认证部在对企业申报材料审核的基础上，确认是否接受企业申报。
　　
　　5、组织评审组
　　认证部在企业办完相关手续后，着手组织评审组（由有关专业的专家和认证部人员组成），并具体落实、安排产地审核和产品认证的程序与时间。
　　
　　6、产地审核
　　评审组受上海市农产品质量认证中心认证部委托，依据上海市安全卫生优质农产品标准、上海市安全卫生优质农产品产地（或原料）环境标准以及企业的《质量管理手册》，对申报企业的产地环境质量、农产品生产过程和质量管理进行审核。
　　
　　7、环境监测及评价
　　根据评审组对产地环境质量审核的基础上，认证部安排产地环境监测，环境监测机构应在规定时限内到产地进行抽样监测，并在规定时限内向认证部提交监测报告。认证部在收到环境监测报告后，及时对产地环境做出评价。如果环境评价不符合要求，则经评审组确认，由认证部通知企业，不再继续认证；如果环境评价符合要求，继续对生产全过程进行认证。

　　8、继续生产全过程审核和产品检测
　　依据上海市安全卫生优质农产品标准，对生产全过程中有关安全的关键点和关键控制技术进行审核，并委托承担上海市安全卫生优质农产品检测的机构在规定时限内对申报企业进行农产品检测，并在规定时限内出具《安全卫生优质农产品检测报告》。如申报企业对检测结果持有异议，可向上海市农产品质量认证中心提出仲裁检测申请，上海市农产品质量认证中心委托两家或两家以上的检测机构予以重新检测，并依据有关规定作出裁决。
　　
　　9、综合评审
　　认证部在收到产品检测报告后，应及时召集评审组，进行综合评审，根据产地审核结果、《环境监测报告》、《产品检测报告》和企业的整改情况形成《综合评审报告》，在综合报告里确定是否建议授予申报产品上海市安全卫生优质农产品标志使用证书和标志使用权。若不授予，则由认证部通知企业，并告知原因，企业可根据情况整改，下一年度可以继续申报；如果建议授予申报产品上海市安全卫生优质农产品标志使用证书和标志使用权，则由认证部整理完整相关材料后提交中心安排一审和二审。
　　
　　10、一审二审
　　一审委员会（由上海市农产品质量认证中心组织与召集）受上海市农产品质量认证中心委托，依据上海市安全卫生优质农产品标准和上海市安全卫生优质农产品产地（或原料地）环境标准，对上海市农产品认证中心认证部送审的全部材料进行审核。合格者，报送二审。
　　上海市农产品质量认证中心对一审委员会一审合格的安全卫生优质农产品进行二审。二审合格的申请企业与上海市农产品质量认证中心签定“上海市安全卫生优质农产品标志使用协议书”。签订标志使用协议后，由上海市农产品认证中心向申报企业颁发上海市安全卫生优质农产品标志使用证书。
　　上海市安全卫生优质农产品标志使用证书使用的有效期限是三年。使用期满后，企业如果想继续使用标志，则应于期满前90天内企业可向认证中心提出续报。续报的过程和申报过程一样。