在并购程序中最大的风险在于违背相关法律或政策的规定，导致并购进程受阻或失败。国企并购所涉及的程序包括有关主管机关的审批、提交相关报告和信息批露，产权变更程序等，任何一个环节都应引起足够的重视。
    1、交易主体瑕疵的法律风险
    必须明确的问题是，谁是有权或有资格代表国家处理国有资产的人。在实践中，比较严重的问题是，在国企作为被并购方的情况下，出现了并购主体混乱的问题，国企本身、国有资产管理部门，甚至是国企领导争相以自己名义签订并购协议。因此，必须明确的是，在国企并购中，具备法人资格的国企本身具有完全的主体资格，而国有资产管理部门虽然是国有资产管理的授权人，有关事项还应经得他的同意，但并不具备并购主体资格，它是以管理者的身份对并购产生影响的。
    因此，交易主体的适格问题是在国企并购中或者说是在产权交易中首先考察的内容，这关系到并购的效力，尤其对于国企并购而言，涉及到国有资产的保护，稍有不慎，容易造成国有资产的流失，还可能触犯刑律，构成刑事犯罪。
    2、审批程序瑕疵中的法律风险
    根据我国目前现行法律、法规的规定，出让国有资产产权必须严格履行有关报批手续，如果国企被并购，由各级国有资产管理部门负责审核，按规定办理有关国有产权（国家股和国有法人股）转让的审批手续。同时区分中央、地方级别国有企业，实行不同的审批核准手续，而且产权交易合同须经国有资产授权经营单位审核，并在产权交易机构办理产权交割手续。
    如果国企并购其他企业，也应受到国有资产监督管理部门的监管，实现国有资产保值、增值的目标。
    因此，在全面考察国企的相关情况并经初步磋商，达成并购意向后，应事先经得有关主管机关的同意，这是并购成功的前提条件。
    3、交易程序瑕疵的法律风险
    非上市国有企业的产权转让应进入产权交易市场，不受地区、行业、出资和隶属关系的限制，产权交易机构为并购双方提供并购信息、并购申请、评估交易等事项的服务。如果是通过产权交易场所进行的国企产权交易，可采取公开竞价方式，包括招标、拍卖等，并公告相关交易信息，或采取协议转让方式，并遵守挂牌交易程序，而且并购价格要经国有资产管理部门的审核。
    无论何种形式的转让，按相关法律规定办理办理的产权变更手续，才能实现产权的清晰和明确，尤其对于国有资产而言，更是提出了更高的要求。如果国企股份已经上市发行，应按照证券法律法规的上市交易程序进行。
    因此，无论在国企并购中，应区分企业是否上市，而且必须严格遵守有关法律法规规定的程序进行，尤其需要关注交易的规范和信息的透明问题，防止国有资产的流失。