一、协议的内容
由于股权转让协议属于《合同法》规范的范畴，因此以《合同法》作为审查股权转让协议效力的基本法律依据是审查其效力应把握的中心所在。协议的本质就是“买卖合同”，因此其内容除包括《合同法》第12条的一般规定外，还可体现有关“买卖合同”章节中的相关内容，如：明确合同生效的时间、股权转让生效的时间等。
需要说明的是“股权转让协议”的生效与“股权转让”的生效是有区别的，不能混为一谈。“股权转让协议的生效”是指对合同当事人产生法律约束力的问题；“股权转让的生效”是指股权何时发生转移，即受让方何时取得股东身份的问题，即便在股权转让协议生效后，也尚需当事人的适当履行，股权转让才能实现。那么，股权转让协议何时生效呢？除法律、行政法规有明确规定股权转让协议应当办理批准、登记等手续生效的以外，依法成立的股权转让协议都应该适用《合同法》第四十四条第一款的规定，自成立时生效。
二、转让双方的主体资格
（一）转让方的资格。新《公司法》对股份有限公司转让股权作了新的限制性规定，如：发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起一年内不得转让；公司董事、监事、经理在任职期内每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的25%等。但由于股份有限公司的股东不属工商登记机关登记的范畴，因此其资格问题应主要依靠公司自律或由证券管理部门依法进行监管。
（二）受让方的资格。《公司法》及其它法律法规规定以及国务院决定不得从事营利性活动的主体，不得受让公司股权成为公司股东，因此公务员不能受让公司股权。法律、法规对市场主体权利能力有禁止性规定的，如：我国《商业银行法》规定商业银行在中国境内不得向非银行金融机构和企业投资，因此此类主体不得违反规定订立股权转让协议。
三、协议订立的程序
股权转让分为股东内部转让和向股东外部转让两种情形。股东内部转让即公司原有股东之间的转让，只需转让双方签订意思表示真实的转让协议即可，毋须征得其他股东同意。但向股东外部转让股权就不同了。《公司法》第72条规定“股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意不购买的，视为同意转让。”以及“经股东同意转让的股权，在同等条件下按照转让时各自的出资比例行使优先购买权”。由此可见转让方在转让股权时应首先履行书面告知义务。若未履行，则所签订的股权转让协议就处于效力不确定状态，股东的优先受偿原则也无法体现。所以，向股东之外的人转让股权事前告知至关重要，在公司股东同意转让或者依法应视为同意转让、且没有股东主张优先购买权的情况下，股东才可以转让股权，转让协议才可能有效。这是向股东之外的人转让股权需要遵守的特别程序。
四、几种特殊股权转让形式的效力审查
（一）“干股”的转让。“干股”的出现多是基于公司对有特殊技能的人才或对有特殊贡献的股东赠与而形成。在行政执法过程中曾有这样的观点，因“干股”股东自身未出资，所以对其应当按照虚假出资进行处罚。但笔者认为只要公司注册资本充实，“干股”股东名下出资已由其他股东代为缴纳，且股东双方意思表示真实，未采取欺诈手段或贿赂等违法犯罪行为取得，登记机关便无权干涉股东之间的民事行为。因此笔者认为对“干股”股东不应作为虚假出资进行查处，而其同样应受法律保护，享受与其他股东一样的权利。
（二）隐名股权的转让。隐名股权，是指实际出资人以他人名义登记的股权。企业改制为公司的登记中，为解决股东人数超过《公司法》规定的上限问题，通常会采取隐名股东的方式，即1个股东代表多个股东登载于公司章程和公司登记机关登记簿上。按照股东之间的约定，有的隐名股东享有完全的股东权利，有的只享有自益权，不得参与公司管理。在实际生活中经常发生显名股东未经隐名股东同意即转让股权的情形。由于公司登记具有外观主义的特征，对于登记机关而言，此类股权转让显然不能因为未经隐名股东或者实际出资人同意即否定转让的效力。