行政许可法对行政机关实施行政许可的原则和制度作出了一系列规定，如实施行政许可，应当遵循公开、公平、公正的原则、便民的原则和信赖保护的原则；公民、法人和其他组织对行政机关实施行政许可，享有陈述权、申辩权；以及实施行政许可程序的说明理由制度和听证制度等等，都适用于国务院实施行政许可的程序。因此，行政许可法的原则和精神适用于国务院实施行政许可的程序。

　　但由于国务院实施行政许可的一些事项有其特殊性，如涉及国家安全、社会公共利益或者对外经济贸易政策等，国务院实施行政许可的程序，在有关公开原则和时效制度等方面也需要作一些特殊规定。例如，核出口管制条例规定，对核出口申请进行初审和复审分别规定了15天的期限，同时规定对国家安全、社会公共利益或者外交政策有重要影响的核出口，必要时，应当报国务院审批。报国务院审批的，不受本条例规定的上述期限的限制。又如，招标投标法第四十条规定：“国务院对特定招标项目的评标有特别规定的，从其规定。”因此，本法规定，国务院实施行政许可的程序，适用有关法律、行政法规的规定。