一、异议登记对取得时效效力的影响

异议登记使得物权所有人的地位明确化的事实直接影响到物权的变动效力，作为直接影响主体地位及变动效力的法律事实，必然与作为物权变动方式之一——取得时效制度发生某种关联，物权对主体的归属及主体对物权的态度、主张直接影响到取得时效的效力。直接的说，异议登记是否会导致取得时效期间中断或终止？

我们肯定的是不论如何，时效期间一定是不能继续进行的，不管是重新计算还是于特定事实消除后继续计算，都要特定法律事实出现就要停止计算。异议登记是对物权的主张，对于时效取得，主体的物权主张对期间的计算至关重要，此时物权归属主体尚未确定，异议登记人的主张是否构成对期间的干涉？若最终确定异议登记人系物权的主体，时效期间是否中断？对此认识有两种观点：其一、认为既然主体未有对时效取得人主张权利的意思表示，说明权利人容忍时效取得人对物权的取得，宜使期间继续计算，使异议登记成为终止的条件。其二、认为主体既然参与异议登记的程序，说明权利人仍然看重自己的权利，即使在该程序中未有积极的态度以表明其对物权的珍惜，但其对时效取得人不作为态度不一定是出于容忍，可能是不知情，因而应当重新计算时效期间是取得时效中断的条件。考虑到对物权人的保护以及物权经确认而稳定的事实，笔者以为应以后一种观点为宜。

二、申请人申请失败产生的后果

这主要是针对登记人的保护而言。笔者以为主要有两种方法：一是事前担保；二是事后赔偿。事前担保者因申请失败前已有相当金额弥补一旦登记失败给登记人造成的损害，对登记人的保护力最强。然而由于要求把资金事前准备好，我们往往不知申请失败后会给登记人造成多大损害（如对其机会利益的损失、处分利益的丧失等），申请人应当提交多少担保金额才算合适，故这种做法是有局限性的。非但如此，事前担保对申请人要求严格，如申请人没有相应金额交足该费用，便无法启动申请程序，这对作为真实的申请人的保护是非常不利的。由于异议登记的时效甚短，如果要求异议登记申请人须事前提供担保，则另需办理抵押登记或寻觅保证人，甚为不便，也显然违背了异议登记简便、迅捷的初衷。笔者以为相较之下还是事后赔偿机制较好，且采用事后追索的模式也使得登记权利人仍可处分不动产，其给登记权利人造成损害的可能性也不大。即使申请人申请失败后，难以一次履行债务，也可以给予分批偿还。

有必要提的是该损害赔偿的性质。该损害赔偿是与物上请求权相对应的义务责任？还是侵权责任？还是其他责任？对其判断应先明确损害到底是什么样的损害。众所周知，损害可以使出让机会利益的丧失，也可以是处分价值的减少等等。在处分价值减少的情形下，该赔偿可以被认为是行使物上请求权的结果，即权利人的物权因异议登记事实的出现而价值大减，甚至严重受到妨碍。物权人当然有权利依物上请求权请求索赔。对于出让机会利益的丧失，如果把它视为物权受到损害显然不合理，因而对该损害的赔偿便不能定性为物权请求权的结果。

损害赔偿被作为侵权责任的负担应该是合理的，导致该赔偿的行为可以被看作对物权的侵犯，这完全符合侵权行为的构成要件。其中作为构成要件之一的不法行为是通过第三方（国家登记机关）的强制作用而实现的，是物权因在登记薄上出现新的登记而大大减少公信力，从而直接影响到其自身的价值，即使不一定明确列举出其所违反的法律，也可认为其造成了损害的后果是对该被害客体的违反。