（一） 强化股东自治，弱化政府管制
这次《公司法》的修订，针对过去政府对公司干预过多的弊端，尊重公司自治及股东的自治权利，对政府管制和企业自治重新进行了权利定位，减少行政权和国家干预，增加了大量任意性规范，对公司意思自治予以扩张。这次修订的一个突出特点就是强调公司章程和股东协议在公司生活中的作用，允许公司与股东就公司有关事项做出安排。具体而言，主要表现为允许公司以章程来确定公司的法定代表人，规定有限责任公司股东有权以公司章程约定红利分配比例、公司新增资本的优先认购权、股东会表决权形使方法、股权装让办法、临时股东大会的召开、公司经理的职权，等等。此外，公司股东还可以通过章程规定股份公司不按照持股比例分配利润，甚至在“营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现”时，可以修订公司章程，让公司继续存续。
（二） 强调市场主体平等，废除国有企业的“特别待遇”
1993年《公司法》立法时，国有企业举步维艰，意识形态尚未与市场经济中主体平等性观念相协调。在当时的时代背景下，必须贯穿满足国企改制需要的原则，《公司法》必须围绕国有企业改革来设计。例如，原《公司法》第4条规定，公司中的国有资产所有权属于国家。又如，原《公司法》第71条规定，国有独资公司的资产转让，依照法律、行政法规的规定，有国家授权投资的机构或者国家授权的部门办理审批和财产权转移手续，等等。
《公司法》在修改时，市场主体平等原则以深入人心，因此，强调股权平等原则，废除国有企业、国有资产优先的思路，将国家股东与其他股东平等对待成为这次修订的一大亮点。此举有利于根治资本市场之时弊。
（三） 确立“公司法人格否认”制度，加强债权人保护
新《公司法》修改后确立了“公司法人否认”制度，在第20条第3款对之作出了规定。该款规定，“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人的利益，应当对公司债务承担连带责任。”
（四） 改革公司资本制度，降低投资门坎
为了鼓励投资，这次修改《公司法》重点之一就是降低投资门坎。
其一，改革资本制度，将原来的法定资本制度改为现行的折衷资本制。原《公司法》实行法定资本制度，实行资本确定、资本不变和资本维持原则，公司注册资本应当一次性实缴到位。此次《公司法》修订，摒弃了大多数国家抛弃的法定资本制，采用折衷资本制。现行《公司法》第26条规定，“公司全体股东的首次出资额不得低于注册资本的百分之二十，也不得低于法定的注册资本最低限额，其余部分由股东自公司成立之日起两年内缴足；其中，投资公司可以在五年内缴足。”
其二，降低法定最低资本额。原《公司法》规定最低注册资本额规定了较高数额，不利于鼓励投资。新的《公司法》对法定最低资本额作了大幅度的降低。现行《公司法》规定，有限责任公司和股份有限责任公司的注册资本的最低限额分别为人民币3万元和人民币500万元。当然，一人公司仍然作了10万元最低资本限额的特别规定。
其三，放宽出资形式限制。原《公司法》规定的出资形式包括货币、实物、工业产权、非专利技术、土地使用权。修订后的《公司法》规定了货币出资和非货币出资两种方式，具体包括货币和实物、知识产权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产。有人认为，这意味着股权、债权等出资的合法性得以确立，此说尚可置疑。
其四，放松无形资产出资比例限制。1993年的《公司法》规定无形资产的出资比例不得超过注册资本的20%，对于高新技术企业，其最高比例可以达到35%。这一限制不利于高新技术企业的发展。修订后的《公司法》则对此作了放宽处理：“全体股东的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的30%。”允许无形资产达到注册资本的70%，显然有利于高新技术企业尤其是风险投资业的发展。
此外，新《公司法》还承认了定向募集的设立方式，废弃了公司“转投资”限制规定。
（五） 全面承认“一人公司”，避免歧视待遇
就一人公司而言，我国1993年《公司法》承认国有独资这一特殊形式的一人公司，我国的《外商投资企业法》则承认包括自然人在内设立的外商独资企业。对于我国自然人和非国有的内资企业，均不得设立一人公司。显然，这是对市场主体投资权力的一种典型歧视。这次《公司法》的修订，全面承认了一人公司，从而避免了在市场主体方面的歧视待遇。
（六） 完善股东权保护机制
股东权保护是此次《公司法》修订的重点之一。《公司法》主要从实体和程序两个方面落实股东权保护。首先，扩大了股东知情权的范围和行使方式。1993年《公司法》规定的知情范围为股东会会议记录和公司财务会计报告，但对董事会、监事会与经理办公会的会议记录、会计账薄和原始凭证等则未作规定。修订后的《公司法》则将知情范围扩大为公司章程、股东会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议 ，财务会计报告及公司会计账薄，并且明文规定了司法救济。其次，增设了异议股东的股份回购请求权。在1993年《公司法》的框架下，股东欺压现象较为严重。公司股东利用其对公司的控制权，长期不想股东分配利润，利益受损害的股东很难保护自己的权益。除了有限公司股东可通过转让股份退出公司外，1993年《公司法》并未提供相应的救济方式。修订后的《公司法》承认了有限责任公司股东在公司拒绝分配利润，公司合并、分立及存续决议等情形下股份回购请求权，并且明确规定了司法救济方式。再次，增设了股东单方解散公司请求权。公司僵局和股东欺压在我国公司实践中比较常见，出现这些情况后，不少公司往往名存实亡。但是我国1993年《公司法》并未规定股东在这类情况下单方解散公司的请求权。这次修订，对公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失、通过其他途径不能解决的情形，规定了持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。其次，增设了股东派生诉讼制度。新修订的《公司法》第152条明确规定 ，公司的股东在董事、监事或者高级管理人员侵害公司利益，而公司怠于主张权利时，有权为了公司的利益以自己的名义直接请求司法救济。最后，增设了对股东会、董事会决议请求确认无效或撤销之权利。修订的《公司法》第22条规定，“公司股东会或者股东大会，董事会的决议内容违反法律，行政法规的无效。股东会或者股东大会，董事会的 会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日内，请求人民法院撤销。”此外，修订后的《公司法》还规定了积极投票制度、股份有限公司股东的提案权，增设了股东直接起诉董事、高级管理人员的条款，等等。
（七） 完善公司内部治理机制，提高公司控制和决策效率
1993年《公司法》实施以来，我国公司治理结构方面存在的问题暴露得还是非常明显的，实践中，公司少数股东、内部人员往往越过股东会、董事会，操纵公司，新修订的《公司法》完善了股东会和董事会会议制度，弱化董事长职权，强化监事会职能，并加重了公司董事和高级管理人员人员的忠实和勤勉义务。
（八） 强化控股股东及董事的责任，规范关联交易
首先，修改后的《公司法》对控股股东作出了明确的界定，不仅对出资额或者持股数额占公司资本或者股本总额百分之五十以上的股东予以关注，而且对出资额或者持股数虽不足百分之五十，但表决权已足以对股东会、股东大会的决议产生重大影响的股东也作出特别注意。
其次，规定了控股股东的诚信义务。如累计投票制度、控股股东回避制度及赔偿责任等，均为非常重要的制度。
再次、强化董事、监事、高级管理人员的忠实义务和勤勉义务。新修订后的《公司法》非常重视公司董事、监事、高级管理人员的上述两项义务。更为重要的是新《公司法》规定了违背上述两项义务给公司造成损失的赔偿责任。
（九） 规定了中介机构的聘请程序和赔偿责任
新修订的《公司法》首次规定了中介机构的赔偿责任。其第208规定： “承担资产评估、验资或者验证的机构因其出具的评估结果，验资或者验证证明不实，给公司债权人造成损失的，除能够证明自己没有过错的外，在其评估或者证明不实的金额范围内承担连带责任。”