根据商标法及有关法律的规定，商标使用许可合同应当报商标局备案。商标使用许可合同未经备案的，不影响该许可合同的效力，当事人另有约定的除外。在本案中，甲、乙两公司的商标使用许可合同未向商标局备案，并不影响该合同的效力。甲、乙应当按照合同的约定，分别履行自己的义务，违约的应依法承担违约责任。但是，商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。

　　[法律依据] 最高人民法院《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第19条。