首先，国家机关工作人员签订履行合同失职罪侵犯的客体是国家机关正常的合同管理制度和国家机关的经济利益。这里的合同显然不同于民法意义的合同，是特别法规定，具有国家职权性特征，其目的是为了实现国家经济利益，如国有土地使用权出让、全民所有制工业企业承包、公共工程采购等合同都有公共权力的介入，按照法定程序缔约，国家机关有严格管理的职责，而民事合同，又称契约，是平等主体的自然人、法人和其他组织之设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。当事人在平等互利基础上的法律行为，没有公权属性，属于民法调整范畴，不受国家机关职权管理，国家机关以民事主体身份签订合同，与对方地位平等，履行时发生纠纷，只能提起民事诉讼，要求对方承担民事责任。
其次，国家机关和当事人遵循自愿原则签订民事合同，双方可自主约定权利义务，不需利用任何国家职权和履行任何行政手续，就可实现合同目的，合同形式灵活多样。
再次，国家机关在履行民事合同中，没有公权介入，也无行政优益权，双方是否约定必守，完全受诚实信用原则制约。但国家机关在签订履行行政合同中，享有行政职权，有职责、有义务保证合同的顺利进行，可以控制和监督相对方履约，在情势变更之下，还能撤销或改变合同内容，国家机关和相对方的诉讼地位并不平等，对方无故不履约，不仅要承担违约的民事责任，还要受到行政制裁。（重庆市城口县检察院·蒋毅）
