一、以“备案”变相设定许可
备案审查是指依法承担备案义务的单位或个人，在法定期限内按照法定程序将有关材料报送有权机关存档备查。它与作为事前控制手段的行政许可不同，属于事后监督方式。未经备案并不影响备案义务主体依法开始从事某种行为，但实践中，在某项行政审批项目已经被国务院取消的前提下，有的文件却规定，未经某机关备案，不得从事某种活动，违反者处以罚款。备案制度在这里已变相成为许可了。
二、以“年检”变相设定许可
根据行政许可法的规定，年检是行政机关对被许可人是否依法从事有关行政许可事项活动的监督检查手段，不是行政许可，不适用行政许可法第三十二条关于处理行政许可申请的规定。在实施年检中，要防止把年检变相转为行政许可。行政机关实施年检必须有法律、行政法规的规定，年检对象限于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施。如果在没有法律法规依据或某项行政审批项目已经被国务院取消的前提下，仍规定未申请年检或者未通过年检，当事人就不能从事相关活动，或者一律停止某种行为，则虽名为年检，实为许可。
三、以“考核”、“培训”变相设定许可
行政许可法第五十四条规定，对赋予公民特定资格的行政许可，行政机关或者行业组织不得组织强制性的资格考试的考前培训。这里讲的是对合法的许可项目。而有的则根本无法律法规依据，如某文件规定，某事项检验员应经省级以上主管部门考核合格或者必须经过由其组织的考试培训，发给结业证书后才能从事某项活动。如果该检验员属行政机关的工作人员，则不是变相设定许可，属于岗前培训性质；如果该检验员不是行政机关的工作人员，未经考核或者培训合格，个人不得从事有关检验服务，就是变相许可了。
四、以“指定由中介机构、学会或者年会等社团审批”变相设定许可
实践中，有的行政机关为逃脱行政许可法的规制，对一些已被国务院决定取消的审批事项，在文件中指定由某中介机构、学会或者年会等社会团体审批，或者强制规定中介机构、学会或者年会等社会团体的章程中必须设立某事项的审批；未经该社会团体的审批，不得从事某种活动。这样一方面侵犯了中介机构、自律组织的自治权，另一方面违法设定了行政许可。
五、以“乡规民约”变相设定许可
依我国宪法规定，村民委员会、居民委员会等属社会自治组织，依法拥有自治权。有些行政机关利用在文件中强制规定，村委会、居委会的“乡规民约”应设定某种无法定依据或者已被国务院决定取消的行政审批事项。未经村委会、居委会的审批，不得从事某种行为。此举亦属变相许可。
各级政府和政府各部门特别是领导，应积极应对、处理贯彻实施行政许可法过程中突出存在的上述问题，从而使行政许可法蕴涵的诸多立法宗旨、理念得到实现。
