本案争议焦点是原告作为股东要求保护公司财产权的诉讼请求应否支持，具体涉及以下三个问题：
一、原告主体资格问题，即原告是否为水运公司的股东之一？
被告认为，自己为了完成县委、县政府下达的招商引资任务，原告是在借用他人船舶证件、获得虚假的验资报告情况下登记成为股东之一，实际上并没有出资，所以原告不是水运公司股东，不具有原告资格。原告认为，水运公司申请注册的相关资料、营业执照等登记材料明确表明，自己系水运公司的合法股东之一，具有原告资格。
法院审理认为，公司设立必须向登记机关申请注册登记，而登记机关的责任是对申请人提交的有关申请材料和证明文件是否齐全，以及申请材料和证明及其所记载的事项是否符合有关登记管理法律法规的规定进行审查；因材料和证明文件不真实所引起的后果，登记主管机关不承担相应责任。作为登记主管机关，其只就企业提供的文件的形式合法性进行审查而不负责其真实性审查。同样，工商营业执照为工商行政机关依法核发的证照，法院在行政诉讼中对企业的营业执照等证照的合法性也只作形式审查，原告是否在公司设立过程中虚假出资不是本案的审查范围。因而应认定原告为水运公司的股东之一，其依法享有诉讼主体资格。根据最高人民法院司法解释规定，原告认为自己的合法权益受具体行政行为侵犯，可以自己的名义提起行政起诉，故原告依法享有诉讼主体资格。
二、原告的起诉是否超过了诉讼时效？
被告认为原告的起诉已超过诉讼时效。原告认为：自己在得知被告于2003年8月19日在镇三套领导班子会议上宣布将水运公司收归集体（镇政府）所有时才知道自己权益被侵害，既未超过3个月，亦未超过2年的诉讼时效规定。
法院审理认为，本案未过诉讼时效。理由有两点：一方面，根据法律规定，诉讼时效从原告知道或应当知道其权益被侵害之日起计算。本案中，根据原告陈述，在2003年8月19日镇领导班子会议上宣布将水运公司收归集体（镇政府）所有时，才知道自己权益被侵害，在此期间起诉未超过时效。另一方面，根据最高人民法院的司法解释规定，“被告认为原告起诉超过法定期限的，由被告负举证责任”。因被告诉讼中并没有提供任何证据证明原告起诉超过诉讼时效，故不能认定原告起诉超过诉讼时效。
三、原告起诉的三个具体行政行为是否存在及违法与否问题？
被告认为，因水运公司本来就是镇运输管理站牵头设立的集体企业，其作为所有者应对该公司的人、财、物进行管理。因此，被告的行为对水运公司不违法，也没有侵害原告的合法权益。原告认为，被告并未否定这三个具体行政行为的存在。根据法律规定，有限责任公司具有法人资格，依法享有独立的法人财产权、自主经营权和人事任免权，被告的行为是对上述权益的侵害。
法院审理认为，水运公司系原告与镇运输管理站共同发起成立的有限责任公司。我国合同法第十四条规定，公司的合法权益受法律保护，不受侵犯。被告以水运公司属镇集体企业为由，在未办理任何法律手续情况下，强行将水运公司归集体所有，并越权审批公司财务和委派会计，其行为侵犯了原告的财产所有权。为依法保障和促进私营个体经济的发展，维护私营个体经济业主的合法权益不受侵犯，加强对私营业主的司法保护，为私营业主的发展营造良好的政策环境，被告向水运公司委派会计和越权审批财务的具体行政行为应确认违法。
综上，法院最终判决撤销了被告将水运公司收归镇集体所有的具体行政行为，并确认被告委派会计和越权审批水运公司财务的具体行政行为违法。
