二、园区事业及经海关核准实施保税货品账册管理之区内事业输入保税货物，除可于园区内(区内)海关办理通关外，其于进口地海关办理者，依本作业规定办理。
三、运输业之进口舱单申报，依报关手册有关舱单规定办理。
四、进口报单之申报：
(一)报单类别限B6及G7报单。
(二)纳税义务人应申报其海关监管编号。
(三)应确实填报保税货物买方料号。
(四)B6报单之纳税办法，保税货物为56；机器设备为5Y；G7报单之纳税办法为99或55。
(五)收单关别：货物存放处所为局本部所管辖，且局本部设有保税组(课)通关单位者，应填报其关别代码(如台北关税局为CB、台中关税局为DB、高雄关税局为BB)，其余则依各通关单位之关别代码填报。
(六)申报B6报单时，对于同一提单含有保税与非保税货物者，应先申报保税货物部分，再申报非保税货物，并应依规定正确填报纳税办法。
(七)进口报单讯息之传输，园区(区内)事业或其委托之报关业者可经由通关网络或因特网(ASP)送达海关。
五、进口报单之收单及销舱：
(一)逻辑检查项目为：收单关别、报单类别(限B6、G7)、园区(区内)事业之海关监管编号(二位英文字母，新科为CS、南科为BS、路竹为BR、中科为DS，屏农为BV，高加为BK、楠加为BN、中加为DT、中港加为DC」及三位阿拉伯数字，共五码)、纳税办法(B6报单为56或5Y，G7报单为99或55)、其它签审项目及逻辑检查项目与园区内(区内)通关B6、G7报单之检查项目相同。
(二)海、空运进口舱单，经转运申请书或特别准单(空运)核销舱单后，除有特殊情形者，经海关核准注销转运准单或特别准单(空运)外，不得再于船(机)抵达之海关办理进口通关事宜。
六、进口报单之分估、查验、征税、放行：
(一)进口报单之收单、销舱、分估、查验、征税、放行、审核、签证、理单等作业，进口地海关依科学工业园区、农业科技园区及加工出口区进口报单之通关作业方式办理。
(二)进口报单通关方式经筛选为C2、C3，属应审核输入许可证者，应凭各科学工业园区管理局(分局)、农业科技园区管理局(分支机构)、加工出口区管理处(分处)核发之书面输入许可证办理。
(三)进口报单经完成放行作业，海关计算机发出海(空)运进口货物放行通知讯息至卸存之货柜集散站或货栈(进口报单申报之货物存放处所)。
七、保税货物之放行及提领：
(一)经核定为C1免审免验方式通关放行之园区(区内)事业保税货物(B6报单)案件，其供园区(区内)事业登帐用报单副本联核发作业，由报关业者于计算机放行后，尽速传送报单数据供园区(区内)事业登帐；至于以C2、C3方式通关放行者(B6、G7报单)，由各通关单位核发登帐用报单副本联，交由报关业者签领，凭供园区(区内)事业登帐。
(二)经放行之园区(区内)事业保税货物(B6、G7报单)案件，其提领出站、仓时，免用保税卡车或保税货箱及免加封方式，凭B6、G7进口报单副本及报关业自行打印之放行通知单运送至园区(区内)事业。
八、查核作业：
(一)各关税局科学工业园区、农业科技园区及加工出口区监管单位，应定期或不定期打印进口地海关放行数据，派员赴厂查核。
(二)园区(区内)事业之保税货物账册管理，仍由海关各监管单位办理。
(三)账册查核资料之撷取，应包括各科学工业园区、农业科技园区及加工出口区驻区海关及其进口地海关通关之所有数据，由各驻区海关依现行规定办理打印。
九、园区(区内)事业之海关监管编号，由各关税局科学工业园区、农业科技园区及加工出口区监管单位于计算机建置。
十、园区(区内)事业与报关业者之长期委任书，由报关业者向各关税局之报关业管理单位提出，经审核后予以建档，以便利进口报单收单长期委任文件之比对作业，比对长期委任文件不符者，以C2或C3通关，由通关单位以人工比对个别委任书。
十一、各关税局科学工业园区、农业科技园区及加工出口区监管单位应将园区(区内)事业之印鉴卡(含海关监管编号并与实际账册管理使用之印鉴卡相同)送各关税局报关业管理单位及通关单位存查。
