第1条本办法依海洋污染防治法(以下简称本法)第十五条第二项规定订定之。第2条公私场所排放废(污)水于本法第十五条第一项之区域每日达二十立方公尺以上者，应向中央主管机关申请取得许可文件后始得排放；其经许可者，应依许可内容排放。第3条依前条规定申请废(污)水排放许可应缴纳审查费，并检具下列文件：一、申请书。二、公私场所经政府机关核准登记证明文件。三、负责人身分证明文件、住址及联络电话。四、公私场所地址、座落位置图及平面配置说明。五、废(污)水处理单元之名称、处理量、处理效率与相关操作参数。六、废(污)水排放设施及放流水详细水质、水量及排放频率。七、海域环境调查报告。八、海域环境监测计画。九、符合本法施行细则第十一条规定之紧急应变计画。一○、水污染防治法相关排放许可文件。一一、其它经中央主管机关指定之文件。第4条前条之排放设施、海域环境调查报告及海域环境监测计画应符合下列规定：一、排放设施应含纵剖面图说、管线材质、放流管施工工期、警告标志与放置地点、放流口定位资料。二、海域环境调查报告调查期间应为最近一年，调查频率每季一次，并包括下列项目：(一)海流流速、流向、波高、波浪周期、波向、水温、盐度、氢离子浓度指数、溶氧量、悬浮固体(或浊度、透明度)、叶绿素a、浮游动物及浮游植物之现存量与分布。(二)第三条第六款放流水详细水质。三、海域环境监测计画应包括监测区域、监测位置、监测项目、监测频率、监测方式、分析方法及品保品管计画。第5条中央主管机关受理废(污)水排放申请，应于两个月内完成审查。必要时得延长两个月，但以一次为限。前项申请文件经审查不合本办法之规定或内容有欠缺者，应通知限期补正；补正日数不算入前项审查期限内，届期未补正者应予驳回。第一项审查必要时得会商相关目的事业主管机关为之。第6条排放许可文件应记载事项如下：一、基本资料：(一)公私场所名称、地址、行业类别及管制编号。(二)公私场所负责人姓名、身分证件字号及住址。二、废(污)水排放许可内容：(一)废(污)水排放设施及放流口位置。(二)废(污)水排放种类、最大许可浓度及排放量上限。(三)废(污)水排放海域监测项目、频率及纪录。(四)其它中央主管机关规定之事项。三、排放许可文件之有效期限及许可字号。第7条前条排放许可文件所记载之基本资料有变更者，应于事实发生之日起三十日内向中央主管机关办理变更登记；其变更涉及废(污)水排放许可内容者，应重新申请排放许可。第8条排放许可文件有效期间五年，期满仍继续排放者，应自期满六个月前起算四个月之期间内，重新向中央主管机关申请排放许可。第9条排放许可文件于有效期间内毁损或灭失者，应于事实发生后三十日内以书面叙明原因，并检附第三条第二款及第三款之文件向中央主管机关申请补发。第10条取得排放许可之废(污)水设施废止或停用者，公私场所应自废止或停用之日起三十日内报请中央主管机关备查。第11条公私场所排放废(污)水应制作排放纪录并记载下列事项：一、排放时间、地点、方式及排放物种类。二、排放物性质。三、排放物数量或浓度。四、处理过程。五、其它经中央主管机关指定之事项。前项纪录，公私场所应于每年一月、四月、七月及十月，报请地方主管机关转陈中央主管机关备查。第12条公私场所排放废(污)水有下列情形之一者，中央主管机关应撤销或废止其许可：一、申请许可文件虚伪不实者。二、六个月内违反第六条第二款第一目至第四目之一两次者。三、变更废(污)水排放许可内容未依第七条规定重新申请者。四、未依第十条规定办理者。第13条公私场所经中央主管机关通知审查核可后，应缴纳证明书费始得领取排放许可文件。第14条违反第二条、第六条第二款、第七条或第十条者，依本法第四十七条规定处罚之。第15条本办法施行前已排放于本法第十五条第一项区域之既设废(污)水排放设施或新公告之特定区域内既设废(污)水排放设施者，应自本办法施行或新特定区域公告之日起两年内取得排放许可文件始得排放废(污)水。第16条本办法自发布日施行。