军队后勤营房水电维修职工因未解决住房问题，于1995年结婚成家时，经当时所在单位的后勤主管首长和营房

军队后勤营房水电维修职工因未解决住房问题，于1995年结婚成家时，经当时所在单位的后勤主管首长和营房负责人同意，占用部队空闲地皮，个人自筹资金建起约40平方的一座砖混平房自用以解决临时住房问题，并有当时同意签订的使用权，租赁权归个人的协议书一式三份。现因编制调整，营房整合重建需要拆除此处自建房。为此，目前刚解决职工集中统一居住50平的住房问题。据此，本人积极配合部队工作，愿就此房同意按目前地区重置成本补偿，但部队方只愿意按他们的核算成本补偿，目前尚未谈妥。我想问下：一是如遇强拆，我该如何维护自己的利益；二是双方这种关系是平等的民事法律关系吗，这个是内部纠纷还是属于侵权的行为，我上哪起诉？